Atas kesimpulan Syafruddin yang menyatakan Sjamsul bukanlah debitur yang melakukan misrepresentasi, ia tidak lagi memberikan perintah divisi yang berwenang mengurus masalah tersebut berkoordinasi. Padahal saat ia menjabat sebagai Sekretaris KKSK sudah mengetahui secara jelas bahwa piutang BDNI kepada Petambak merupakan aset yang terkait PKPS yang harus menjadi tanggung jawab Sjamsul Nursalim.
Pada 26 April 2004, Syafruddin menandatangani surat No.SKL-22/PKPS-BPPN/0404 perihal Pemenuhan Kewajiban Pemegang Saham yang menyatakan Sjamsul Nursalim telah menyelesaikan kewajiban PKPS sebesar Rp28,408 triliun kepada BPPN. Angka tersebut termasuk penyelesaian seluruh kewajiban lainnya sebagaimana dipersyaratkan dalam perjanjian PKPS.
Alhasil negara dirugikan Rp4,58 triliun yang berasal dari hutang petani tambak Rp4,8 triliun yang menjadi tanggung jawab Sjamsul, dikurangi dengan hak tagih hutang petambak PT DCD dan PT WM kepada Konsorsium Neptune sebesar Rp220 miliar. Atas perbuatannya itu ia didakwa melanggar Pasal 2 atau Pasal 3 Undang-Undang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi Juncto Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHPidana.
Usai dibacakan dakwaan, salah satu kuasa hukum Syafruddin, Ahmad Yani menyatakan jika pihaknya akan mengajukan keberatan (eksepsi) atas surat dakwaan ini. “Bisa kami akan ajukan satu minggu (untuk eksepsi). Izin, sebelum ditutup, terdakwa sejak 5 Mei demam tinggi, sesak nafas terus menerus dan sudah diperiksa di klinik KPK. Sesungguhnya beliau tadi pagi kurang sehat tetapi memaksakan untuk mendengar dakwaan. Kami mohon Yang Mulia Terdakwa diperiksa komprehensif tidak hanya di klinik KPK tapi di RSPAD maupun RSCM,” kata mantan anggota Komisi III DPR RI Fraksi PPP ini.
Ketua Majelis Hakim Yanto yang juga menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Jakarta Pusat, Yanto mengabulkan permintaan waktu eksepsi dan juga pengajuan berobat kepada Syafruddin. “Baik, silahkan ajukan biar kami akomodir. Untuk eksespsi Senin (21/5) depan ya,” kata Hakim Yanto yang langsung menutup sidang.