Berdasarkan catatan hukumonline, pilot Garuda Indonesia, Pollycarpus Budihari Priyanto, serta mantan Direktur Utama Garuda Indra Setiawan telah menerima hukuman dari pengadilan.
Mangadili Pollycarpus pun bukan perkara sederhana. 20 Desember 2005 Pengadilan Negeri Jakarta Pusat menyatakan Pollycarpus bersalah dan menghukumnya 14 tahun penjara. Pengadilan Tinggi DKI melalui putusan No. 16/PID/2006/PT.DKI tertanggal 27 Maret 2006 menguatkan putusan PN Jakarta Pusat, dan kembali menyatakan Pollycarpus bersalah.
Publik sempat dikagetkan dengan putusan tingkat kasasi terhadap Pollycarpus. Mahkamah Agung yang diketuai Iskandar Kamil menyatakan Pollycarpus tidak bersalah dalam melakukan pembunuhan berencana terhadap Munir.
Putusan MA No. 1185K/Pid/2006 tertanggal 3 Oktober 2006 itu, hanya menjatuhkan hukuman dua tahun penjara kepada Pollycarpus. Pasalnya, Pollycarpus hanya dianggap bersalah karena menggunakan surat palsu, bukan melakukan pembunuhan berencana.
Putusan MA yang menuai protes hingga eksaminasi itu, disertai dissenting opinion dari Anggota Majelis. Seperti yang dilansir berbagai media, Artidjo Alkostar berpendapat Pollycarpus justru pantas mendapat hukuman seumur hidup. Pasalnya, banyak sekali rangkaian kejanggalan tindakan Polycarpus yang mengindikasikan keterlibatannya.
Hingga akhirnya, Pollycarpus tak bisa lepas dari jerat hukum. Putusan Peninjauan Kembali (PK) Mahkamah Agung (MA) menetapkan Pollycarpus sebagai pembunuh Munir. Majelis Hakim PK memutuskan Pollycarpus bersalah melakukan tindak pidana pembunuhan berencana terhadap Munir dan menghukumnya dengan penjara selama 20 tahun.
Berbeda nasib dengan Pollycarpus, Indra mendapat hukuman yang jauh lebih ringan. Indra yang dinyatakan bersalah oleh Majelis Hakim PN Jakarta Pusat karena telah memberikan kesempatan, sarana atau keterangan kepada Pollycarpus dalam pembunuhan Munir, hanya diganjar satu tahun penjara.