Hukuman yang diterima Pollycarpus dan Indra tak lantas menyelesaikan misteri di balik pembunuhan Munir. Dalang sesungguhnya belum diketahui. Terlebih setelah putusan Majelis Hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan menyatakan Muchdi tidak bersalah.
Kasasi yang diajukan Jaksa pun tidak membuahkan hasil. Mahkamah Agung menyatakan kasasi jaksa tidak bisa diterima. Pasalnya, jaksa tidak bisa membuktikan bahwa putusan Muchdi bukan bebas murni. Meski demikian, Jaksa bertekad akan ajukan PK.
Terhadap putusan MA, Komnas HAM pernah melakukan eksaminasi. Hasilnya, Majelis yang terdiri dari sejumlah akademisi di bidang hukum ini menemukan bahwa proses pemeriksaan di pengadilan belum mengarah pada penyelenggaraan peradilan yang adil. Majelis Eksaminasi merekomendasikan dilakukannya terobosan hukum, termasuk dengan mengabaikan asas nebis in idem.
Selain Pollycarpus, Indra, dan Muchdi, entah berapa nama lagi yang belum tersentuh. Enam tahun, jelas bukan waktu yang singkat untuk meembongkar suatu tindak pidana pembunuhan. Terlebih, Susilo Bambang Yudhoyono sempat menyatakan komitmennya untuk membongkar kasus ini. Pernyataan SBY yang terkenal, menyebut penyelesaian kasus Munir sebagai ‘a test of our history.’ Pernyataan itu membutuhkan pembuktian, sudahkah bangsa ini sudah melalui ujian sejarahnya.