Dengan demikian, Fitroh menganggap Waryono bersama-sama Sri telah melakukan perbuatan yang bertentangan dengan Pepres No.54 Tahun 2010 tentang Pengadaan Barang dan Jasa Pemerintah. Ia mendakwa Waryono bersama-sama Sri melanggar Pasal 2 ayat (1) atau Pasal 3 UU Tipikor jo Pasal 55 ayat (1) ke-1 jo Pasal 65 ayat (1) KUHP.
Selain itu, Fitroh mendakwa Waryono dengan Pasal 5 ayat (1) huruf a UU Tipikor, subsidair Pasal 13 UU Tipikor karena telah memberikan uang sejumlah AS$140 ribu kepada Sutan Bhatoegana selaku Ketua Komisi VII DPR untuk mempengaruhi pembahasan APBN-P dan RKA-KL APBN-P tahun anggaran 2013.
Fitroh juga mendakwa Waryono dengan Pasal 12B UU Tipikor karena Waryono menerima gratifikasi sebesar AS$50 ribu dari Kepala SKK Migas Rudi Rubiandiri dan menerima gratifikasi sebesar AS$284,862 ribu ketika Kementerian ESDM akan mengusulkan RAPBN-P tahun 2013 dalam rapat kerja Komisi VII DPR.
Menanggapi dakwaan penuntut umum KPK, Waryono dan tim pengacaranya akan mengajukan nota keberatan (eksepsi). Usai sidang, Waryono membantah jika dirinya telah melakukan perbuatan yang merugikan keuangan negara. "Iya lah. Kita akan tunggu keadilan. Saya mengabdi 42 tahun ke republik ini, 41,5 tahun tanpa cacat," katanya.
Waryono mengaku selama bertugas di Kementerian ESDM, ia telah menorehkan sejumlah prestasi, termasuk mendapatkan predikat Wajar Tanpa Pengecualian (WTP) dari Badan Pemeriksa Keuangan (BPK). Menurutnya, sebelum ia menjabat sebagai Sekjen, Kementerian ESDM selalu mendapatkan disclaimer dari BPK.
Ia bahkan mengklaim, Kementerian ESDM menjadi satu-satunya kementerian yang mendapat penilaian excelent dalam 100 hari kerja kabinet SBY. Waryono menyatakan dirinya adalah Sekjen yang selalu mengingatkan pegawainya agar tidak bermain-main dalam tender. Oleh karena itu, ia merasa tidak terima dengan tuduhan penuntut umum.
"Jadi, insya Allah itu tidak ada. Yang berkomentar begitu-begitu kan tataran di bawah. Masak Sekjen urusan pemeliharaan gedung? Anda tahu dong, Sekjen itu kan di atas, KPA (Kuasa Pengguna Anggaran). KPA tidak mengurusi pemeliharaan gedung, apalagi sepeda sehat. Itu pekerjaan di bawah, pekerjaan PPK (Pejabat Pembuat Komitmen)," ujarnya.
Terlebih lagi mengenai dakwaan penerimaan gratifikasi AS$284,862 ribu. Waryono menyindir surat dakwaan yang tidak menguraikan secara jelas dari siapa gratifikasi itu berasal. Penuntut umum hanya mengungkapkan dirinya menerima gratifikasi AS$284,862 ribu. "Anda baca nih, tidak ada dari siapa. Masak Tuhan (yang kasih) gratifikasi ke saya," tandasnya.