Pada pertengahan 2013 Pengadilan Pajak berencanapindah ke Gedung yang terletak di Jalan Hayam Wuruk No.7 Jakarta Pusat,tepatnya Gedung Badan Pengawas Keuangan dan Pembangunan (BPKP). Pengadilan Pajak nantinya akan menempati Gedung A, B dan F di Komplek BPKP. Saat ini, Gedung tersebut masih dalam proses renovasi.
Selain karena ruangan di Gedung Sutikno Slamet yang daya tampungnya sudah tidak memadai, Indra mengaku, rencana berpindahnya Kantor Pengadilan Pajak ke Kompleks BPKP untuk menghindari opini masyarakat yang menilai Pengadilan Pajak tidak independen karena berada dikomplek Kemenkeu.
"Kalau di sana selesai kita akan pindah," kata Indra.
Untuk diketahui, pemerintah inginmemindahkan sebagian tempat bersidang Pengadilan Pajak yang selama ini hanya berada di Jakarta ke 5 kota besar di Indonesia. Kelima kota itu adalah Bandung, Yogyakarta, Surabaya, Medan, dan Makassar. Tempat bersidang Pengadilan Pajak rencananya akan mengambil lokasi di Gedung Keuangan Negara yang ada di kelima kota tersebut.
Pemilihan kelima kota tersebut didasarkan pada perhitungan dan proyeksi jumlah sengketa pajak di masing-masing daerah berdasarkan data dari Bagian Administrasi Sengketa Pajak II, Sekretariat Pengadilan Pajak. Namun dari 5 kota tersebut, Pengadilan Pajak baru hadir di Yogyakarta pada 7 Juni 2012.