Dengan adanya perubahan-perubahan tersebut, maka kedudukan Badan Peradilan Pajak ini semakin jelas sebagai peradilan yang tidak lagi dipengaruhi oleh kekuasaan eksekutif. Sehngga dapat dikatakan sebagai cikal bakal peradilan pajak yang mandiri seperti sekarang.
Pengadilan pajak pada masa pra kemerdekaan dibentuk oleh pemerintahan Belanda. Pembentukan lembaga ini pada masa itu dikenal dengan sebutan Peradilan Pajak yang berkedudukan di Batavia. Pada 1925, sebutan Peradilan Pajak berubah menjadi Peradilan Banding Pajak (PBP).
Proklamasi kemerdekaan membawa banyak perubahan bagi keberadaan tatanan mengenai Peradilan Banding Pajak, namun tetap mempertahankan Peradilan Banding Pajak tersebut sebagaimana diatur dalam Aturan Peralihan UUD 1945. Undang-UndangNo.5 Tahun 1959 merupakan UU yang tidak mengubah substansi dari peraturan sebelumnya, hanya saja UU tersebut mengubah aturan tentang sebutan atau istilah.
Dengan terbitnya UU No.5 Tahun 1959, sistem peradilan pajak masa kolonial yang dulu dinamakanPeradilan Banding Pajak, berubah menjadi Majelis Pertimbangan Pajak (MPP).
“Saat itu, lokasi MPP terletak di Lapangan Banteng Timur No.1A, tepatnya di belakang gedung Eks Mahkamah Agung (MA) Komplek Kantor Kementerian Keuangan saat ini,” kata Wakil Ketua Bidang I Pengadilan Pajak, Indra J Rivai, menjelaskan sejarah Pengadilan Pajak kepada hukumonline.
Keberadaan MPP di Komplek Kemenkeu Lapangan Banteng cukup lama. Setelah pemerintah menerbitkan UU No.17 Tahun 1997 tentang Badan Penyelesaian Sengketa Pajak (BPSP), Kantor BPSP sempat pindah ke Jl.Cut Mutia No 7 Jakarta Pusat. Saat ini, gedung tersebut digunakan sebagai Gedung KPP Menteng. Tidak lama di Jl.Cut Mutia, pada tahun 1998 Pengadilan Pajak kembali pindah ke Pancoran, tepatnya di gedung yang saat ini digunakan sebagai Kantor Pusat Jasindo.
Sekadar catatan, BPSP dimaksudkan untuk menggantikan tugas-tugas MPP yang dianggap sudah tidak memadai dan sudah tidak sesuai lagi dengan kebutuhan dalam menyelesaikan sengketa pajak secara lebih baik, yakni penyelesaian yang adil dengan prosedur dan proses yang cepat, murah dan sederhana.