Setelah dokumen diterima, BPJPH akan menentukan bahwa LPH akan menginspeksi dan/atau menguji apakah produk tersebut halal atau tidak. Penentuan dari LPH akan dilakukan dalam kurun waktu lima hari kerja sejak penerimaan dokumen dinyatakan lengkap. Inspeksi dan/atau pengujian dari produk tersebut akan ditentukan oleh pemeriksa halal di lokasi bisnis dan proses produksi.
LPH memberikan hasil inspeksi dan/atau uji produk kepada BPJPH yang mana akan meneruskan laporan kepada MUI untuk ditindak lanjuti mengenai ketentuan dari kondisi halal atau tidaknya produk tersebut. MUI akan menentukan hal tersebut melalui sidang fatwa yang akan dilakukan dalam kurun waktu 30 (tiga puluh) hari kerja sejak laporan diterima. Ketentuan dari MUI akan diberikan kepada BPJPH untuk digunakan sebagai dasar pembuatan sertifikat halal dalam kurun waktu 7 (tujuh) hari kerja sejak laporan diterima. Sertifikat tersebut berlaku selama 4 (empat) tahun sejak penerbitan sertifikat.
Pelaku Usaha yang telah mendapatkan sertifikat halal wajib memberikan label halal pada kemasan dan beberapa bagian/tempat produk tersebut yang dapat dengan mudah dilihat dan dibaca serta tidak dengan mudah dihapus, diambil dan dirusak. Pelaku Usaha yang memberikan label namun tidak sesuai dengan ketentuan ini akan dikenakan sanksi administratif berupa teguran lisan, teguran tertulis, atau pencabutan sertifikat halal
Ketentuan-ketentuan Peralihan
Sertifikat halal yang sudah dikeluarkan oleh MUI sebelum Undang-undang Halal akan tetap berlaku sampai tanggal yang tertera. Sebelum BPJPH berdiri, penyerahan permohonan pembaharuan sertifikat halal dilakukan sesuai dengan prosedur untuk memperoleh sertifikat halal yang berlaku sebelum RUU JPH terdaftar.
Peraturan Pelaksana
RUU JPH dimandatkan untuk pengeluaan beberapa peraturan pemerintah untuk mengatur:
a. kewenangan BPJPH dan kerjasamanya dengan menteri,
b. agen yang berhubungan, LPH, dan MUI.
c. lebih lanjut mengatur tentang LPH,
d. proses produksi halal, sertifikat halal,
e. kerjasama internasional,
f. prosedur registrasi sertifikat halal; dan
g. supervisi dan tipe dari produk sertifikat halal.
Selain itu, sebagai turunan UU JPH akan diterbitkan beberapa peraturan menteri untuk mengatur:
a. prosedur pemberlakuan sanksi administratif,
b. pengaturan lebih lanjut untuk supervisi halal,
c. prosedur permohonan sertifikat halal,
d. prosedur penunjukkan LPH,
e. pembaharuan sertifikat halal,
f. manajemen keuangan BPJPH, dan
g. apresiasi terhadap partisipasi aktif publik dalam melakukan pengawasan JPH.