Perlu diketahui, redaksi "pembinaan personel militer" tidak dikenal dalam UU No.31/1997. Semula, Pasal 7 ayat (1) UU No.31/1997 hanya menyebutkan bahwa pembinaan organisasi dan prosedur, administrasi, finansial badan-badan Pengadilan Militer dan Oditurat dilakukan oleh Panglima TNI.
Peradilan koneksitas dihapus
Hal lain dalam UU No.31/1997 yang mengalami perubahan adalah dihapuskannya hukum acara koneksitas. Usulan Perubahan UU No.31/1997 menghapus Judul Bagian Kelima Bab IV. Kemudian, pasal-pasal di bawah Bagian Acara Pemeriksaan Koneksitas yaitu Pasal 198, Pasal 199, Pasal 200, Pasal 201, Pasal 202, dan Pasal 203, juga ikut dihapus.
Dengan dihapuskannya pasal-pasal terkait dengan acara pemeriksaan koneksitas, maka terhadap tindak pidana yang dilakukan bersama-sama oleh Prajurit TNI dan sipil diperiksa dan diadili oleh pengadilan dalam lingkungan peradilan umum.
Penghapusan pemeriksaan koneksitas sesungguhnya senapas dengan Ketetapan (Tap) MPR No.VI/MPR/2000 tentang Pemisahan TNI dan Kepolisian Negara RI dab Tap MPR No.VII/MPR/2000 tentang Peran TNI dan Peran Kepolisian Negara RI. Kedua Tap tersebut menegaskan antara lain bahwa dalam hal pelanggaran hukum pidana umum prajurit TNI tunduk kepada kekuasaan peradilan umum.
Perlu pula diketahui bahwa melalui Tap MPR No.VI/MPR/2000 dan Tap MPR No.VII/MPR/2000 dinyatakan tetap berlaku dengan Tap MPR No.I/MPR/2003 tentang Peninjauan Terhadap Materi dan Status Hukum Tap MPR RI Tahun 1960 sampai dengan Tahun 2002.
Dengan diperbaruinya UU No.14/1970 yang sebelumnya telah diubah dengan UU No35/1999 menjadi UU No.4/2004 tentang Kekuasaan Kehakiman, serta UU No.14/1985 dengan UU No.5/2004 tentang Mahkamah Agung, maka organisasi, administrasi, dan finansial dari semua lingkungan peradilan beralih ke Mahkamah Agung.
Sebagai bagian dari proses yang dikenal dengan penyatuatapan tersebut, beberapa anggota Badan Legislasi DPR mengajukan RUU Usul Inisiatif tentang Perubahan UU No.31/1997 tentang Peradilan Militer ke pimpinan DPR (28/04). Namun, berbeda dengan lingkungan peradilan lainnya, di lingkungan Peradilan Militer peran Panglima TNI masih dominan selain Mahkamah Agung.
Dalam ketentuan Pasal 7 ayat (1) RUU Perubahan UU No.31/1997 disebutkan bahwa pembinaan personel militer di lingkungan peradilan militer dilakukan oleh Panglima TNI. Sedangkan, dalam Pasal 6 ayat (1) RUU dikatakan bahwa pembinaan teknis peradilan, organisasi, administrasi, dan finansial pengadilan dilakukan oleh Mahkamah Agung.
Selanjutnya, dalam penjelasan Pasal 6 RUU disebutkan, "Pembinaan personel militer dilakukan sesuai dalam Pasal 45 huruf a UU No.4/2004 tentang Kekuasaan Kehakiman yaitu, semua pegawai negeri sipil di lingkungan peradilan militer beralih menjadi pegawai negeri sipil pada Mahkamah Agung".