Kemudian, PT CPI dan PT GPI mengamandemen kontrak terhitung 1 Januari 2007-5 Mei 2007 dengan menambah nilai kontrak sebesar AS$108,342 ribu. Kontrak kedua perusahaan diperpanjang mulai 4 Juli 2007-3 Januari 2008 dengan nilai AS$89,979 ribu untuk daerah operasi SLN di SBF Pematang.
Untuk daerah operasi SLN di SBF Mutiara, PT CPI dan PT GPI memperpanjang kontrak dengan nilai AS$222,24 ribu yang berlaku mulai 22 Oktober 2007-21 April 2008. Pada 2008, kedua perusahaan membuat kontrak lagi untuk daerah operasi SLN di SBF Pematang, Mutiara dan Libo dengan nilai kontrak sebesar AS$1,689 juta.
Pada 2011, PT CPI dan PT GPI mengamandemen kontrak dengan penambahan AS$160 ribu. Kontrak Bridging untuk daerah operasi SLN di SBF Pematang, Mutiara dan Libo dengan nilai kontrak AS$608,579 ribu dibuat kedua perusahaan untuk jangka waktu enam bulan, mulai 25 Agustus 2011-24 Februari 2012.
Sudharmawatiningsih mengatakan, lingkup pekerjaan PT GPI diantaranya memisahkan tanah terkontaminasi yang memiliki Total Petroleum Hidrokarbon (TPH) 3000-10000 mg/kg dari lokasi SBF, melakukan pemeriksaan berkala, serta mengambil sampel tanah dan mengirimkan ke perusahaan (CPI) untuk melakukan pengecekan.
Selanjutnya, saat akhir masa kontrak, PT GPI harus menyediakan pelatihan untuk wakil perusahaan agar PT CPI dapat melakukan review. Dengan fakta-fakta tersebut, majelis berpendapat pekerjaan PT GPI adalah pekerjaan pengolahan limbah tanah terkontaminasi minyak bumi secara biologis dengan metode bioremediasi.
Namun, berdasarkan Pasal 3 Kepmen LH No 128 Tahun 2003, untuk melakukan pengolahan limbah minyak dengan bioremediasi harus memiliki izin dari Kementerian Lingkungan Hidup (KLH). Persyaratan izin ini juga mengacu pada Pasal 40 ayat (1) huruf a PP No 18 Tahun 1999 tentang Pengelolaan Limbah Beracun dan Berbahaya dan Pasal 59 ayat (4) UU No 32 Tahun 2009 tentang Perlindungan dan Pengelolaan Lingkungan Hidup.
“Karena PT GPI tidak memiliki izin untuk melakukan pekerjaan bioremediasi dari KLH sesuai Pasal 3 Kepmen No 128 Tahun 2003, perbuatan terdakwa selaku direktur PT GPI melakukan kontrak kerja dengan PT CPI untuk bioremediasi adalah perbuatan melawan hukum karena melanggar PP No 18 Tahun 1999,” ujar Sudharmawatiningsih.