Sanksi administratif nantinya akan diberikan oleh Dirjen EBTKE kepada badan usaha BBN yang melanggar. Sementara jika pelanggaran dilakukan oleh badan usaha BBM maka sanksi akan diberikan oleh Dirjen Migas atas usul dari Dirjen EBTKE. Pelanggaran yang dilakukan oleh badan usaha pembangkit tenaga listrik akan diberikan sanksi oleh Dirjen Ketenagalistrikan atas usul dari Dirjen EBTKE.
Pemberian sanksi oleh Dirjen EBTKE merupakan salah satu bentuk perubahan yang diatur dalam Permen baru. "Permen tahun 2008 ini dibentuk sebelum Ditjen EBTKE berdiri. Kewenangan BBN sebelumnya berada di Direktorat Jenderal Migas ESDM dan kini terjadi perpindahan wewenang," jelas Direktur Bioenergi Kementerian ESDM Dadan Kusdiana.
Ketua Center for Petroleum and Energy Economics Studies (CPEES), Kurtubi mengingatkan, implementasi Permen baru tersebut juga penting untuk diperhatikan. “Rancangan Permen baru yang demikian baik tak akan membawa dampak baik jika tidak diimplementasikan dengan benar-benar,” tegas Kurtubi.
Salah satu implementasi yang patut difokuskan pemerintah, menurut Kurtubiadalah upaya produksi BBN. Ia mengatakan pemerintah harus dapat menjamin produksi BBN agar bisa masif dan berkesinambungan sehingga tidak bergantung pada musim. Selain itu, kontrol kualitas juga harus diperhatikan agar tingkat kadar air BBN tidak merusak mesin.
“Kualitas terhadap mesin dan lingkungan harus benar-benar dijaga. Agak mahal sedikit memang, pada akhirnya. Namun bahan baku BBN memang sudah mahal,” pungkasnya.