Rekomendasi Elsam
Sementara menanggapi kualitas proses persidangan yang sekarang ini tengah berlangsung, Elsam mengindikasi ada dua kelemahan mendasar. Pertama, kelemahan kemampuan menyusun argume pembuktian dan penggunaan alat-alat bukti yang mendukung dakwaan.
Kedua, kelemahan pemahaman konsep-konsep yang dipergunakan dalam dakwaan, termasuk di dalamnya tidak terdapat pemahaman yang komprehensif mengenai persoalan Timor Timur. Mencermati hal itu, Elsam merekomendasikan beberapa hal untuk memperbaiki kualitas proses persidangan.
Jaksa, menurut Elsam, harus berani mempergunakan alat bukti baru, seperti surat telegram dari Pangdam IX Udayana kepada Panglima TNI yang isinya menyebutkan keterlibatan aparat keamana (TNI dan Polisi) dalam penyerbuan ke rumah Pastor Rafael. Sekaligus pula, mencari alternatif pemeriksaan saksi seperti penggunaan teleconference atau melakukan persidangan di tempat kejadian perkara (TKP).
Selain itu, menyusun dasar argumen baru untuk melakukan pembuktian tanggung jawab pidana komando atau atasan sipil. Tentunya, dengan merujuk yurisprudensi intenasional yang telah tersedia, seperti Yamashita case dan Nuremberg trial. Juga dengan menggunakan ketentuan yang mengatur mengenai struktur dan organisasi militer Pasal 9 UU Nomor 2/1988.