Jika dilihat dari naskah RUU Perubahan UU Yayasan, pihak penyusun RUU Perubahan UU Yayasan dengan jujur mengakui bahwa substansi UU No.16/2001 mengandung banyak kelemahan yang menimbulkan ketidakpastian dan ketidaktertiban hukum di tengah-tengah masyarakat.
Dalam konsiderans 'menimbang" RUU Perubahan antara lain disebutkan bahwa UU No.16/2001 mulai berlaku pada 6 Agustus 2002. Namun, UU tersebut dalam perkembangannya belum seluruhnya menampung kebutuhan dan perkembangan hukum dalam masyarakat. Selain itu, beberapa substansinya dapat menimbulkan berbagai penafsiran, sehinga perlu dilakukan perubahan terhadap UU tersebut.
Terkait dengan hal itu, Eryanto mengatakan bahwa sejak 6 Agustus 2002 baru 129 dari ribuan yayasan di seluruh Indonesia yang sudah mendaftarkan diri ke Depkeh untuk menyesuaikan Ketentuan Peralihan UU No.16/2001. Pasal 71 ayat (2) UU No.16/2001 mewajibkan yayasan yang dibentuk sebelum keberlakuan UU tersebut untuk mendaftarkan diri ke Depkeh.
"Karena kesalahan Undang-undang No.16 Tahun 2001 ribuan yayasan sekarang secara hukum bukan lagi berstatus badan hukum yayasan karena mereka tidak memenuhi ketentuan pasal 71," ucap Eryanto.
15 pasal direvisi
RUU Perubahan UU Yayasan tidak hanya merevisi sebagian pasal atau ayatnya, tetapi juga menambah beberapa pasal serta ayat baru. Sebanyak 15 dari 73 pasal UU Yayasan direvisi oleh RUU perubahannya. Pasal-pasal baru yang ditambahkan dalam RUU hanya terdiri dari dua pasal yaitu pasal 13A dan pasal 72A.
Pasal-pasal UU Yayasan yang mengalami perubahan tersebut adalah pasal 5, pasal 11, pasal 12, pasal 24, pasal 32, pasal 33, pasal 34, pasal 38, pasal 44, pasal 52, pasal 58, pasal 60, pasal 68, pasal 71, dan pasal 72.
Sebenarnya, perubahan UU Yayasan dilakukan untuk merespons kritik dan protes masyarakat seputar ketentuan yang melarang pengurus yayasan menerima gaji dari yayasan tempat mereka bekerja. Ketentuan hukum yang melarang pengurus mendapat gaji dari yayasan terdapat dalam pasal 5 UU No.16/2001.