Bagian pemerintah disetor oleh pengusaha panas bumi ke dalam Rekening Penerimaan Panas Bumi No. 508.000084980 pada Bank Indonesia paling lambat 30 hari seteJah berakhirnya triwulan yang bersangkutan.
Pengusaha panas bumi wajib melaporkan perhitungan dan pelaksanaan penyetoran bagian Pemerintah kepada Direktur Jenderal Anggaran cq Direktur Penerirnaan Negara Bukan Pajak sesuai dengan peraturan perundangan, yang kemudian menyampaikan data realisasi penyetoran tersebut sebagai dasar penetapan PPh ditanggung pemerintah setiap triwulan kepada Direktur Jenderal Pajak paling lambat 10 hari kerja setela batas akhir penyetoran bagian Pemerintah.
Berdasarkan data realisasi setoran bagian pemerintah tersebut dan dokumen anggaran yang diperlukan, Direktur Jenderal Pajak cq Direktur Potensi Kepatuhan dan Penerimaan selaku Kuasa Pengguna Anggaran, memerintahkan kepada Pejabat Pembuat Komitmen dan Pejabat Penandatanganan Surat Perintah Membayar sesuai tugasnya masing-masing untuk (i) membuat Surat Permintaan Pembayaran atas realisasi belanja subsidi Pajak ditanggung Pemerintah, (ii) membuat Surat Perintah Membayar.
(iii) menyampaikan Surat Perintah Membayar kepada Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara, Direktorat Jenderal Perbendaharaan, untuk mendapatkan Surat Perintah Pencairan Dana sebagai pelaksanaan pengeluaran APBN untuk subsidi pajak ditanggung Pemerintah.
Alokasi anggaran yang sama untuk tahun anggaran 2013 diusulkan oleh Direktorat Jenderal Pajak kepada Direktorat Jenderai Anggaran. Besarnya alokasi anggaran Pajak Penghasilan Ditanggung Pemerintah, didasarkan pada data perkiraan setoran bagian pemerintah yang akan dibayarkan oleh pengusaha pada tahun yang bersangkutan, yang disampaikan oleh Direktorat Jenderal Anggaran.