Nah, dalam naskah akademis itu ternyata ada tercantum klausul yang menyatakan bahwa pengawasan Komisi Yudisial meliputi seluruh hakim, termasuk hakim agung. Menurut Lukman Hakim, pihak DPR percaya naskah akademis itu disusun ‘amat serius' karena sampai dibentuk organ peneliti tersendiri. Tidak mengherankan kalau kemudian dalam UU Komisi Yudisial, klausul yang memasukkan hakim agung sebagai objek pengawasan disahkan. Oleh karena itu, DPR berkesimpulan bahwa pasal-pasal yang dimohonkan oleh para hakim agung tidak bertentangan dengan UUD 1945.
Menteri Hukum dan HAM Hamid Awaluddin tidak memberikan tanggapan secara eksplisit apakah Pemerintah selalu didampingi wakil MA atau tidak. Hamid hanya menyinggung bahwa KY bukanlah pelaku kekuasaan kehakiman meskipun tugasnya banyak bersinggungan dengan hakim. KY dibentuk untuk menjalankan prinsip check and balances. Namun, dalam menjalankan tugasnya, KY tidak boleh mengintervensi proses pemeriksaan perkara yang sedang ditangani hakim. Pada akhirnya, Hamid menyerahkan penilaian sepenuhnya kepada Mahkamah Konstitusi.