Atas perbuatan tersebut OC Kaligis bersama-sama Gary, Gatot, dan Evy yang penuntutannya dilakukan secara terpisah, Yudi mendakwa OC Kaligis dengan dakwaan primair Pasal 6 ayat (1) huruf a UU Tipikor jo Pasal 55 ayat (1) ke-1 jo Pasal 64 ayat (1) KUHP, subsidair Pasal 13 UU Tipikor jo Pasal 55 ayat (1) ke-1 jo Pasal 64 ayat (1) KUHP.
Menanggapi dakwaan penuntut umum, OC Kaligis dan tim pengacaranya langsung mengajukan nota keberatan (eksepsi). OC Kaligis merasa dirinya seolah sudah menjadi target operasi KPK. Pasalnya, meski tidak pernah memerintahkan Gary dan berada di tempat kejadian perkara, OC Kaligis ikut dijadikan tersangka, bahkan dianggap sebagai pelaku utama.
OC Kaligis menjelaskan, KPK membangun rangkaian peristiwa dari keterangan saksi-saksi yang secara psikologis berada dalam ketakutan ancaman KPK untuk menempatkan dirinya sebagai "dalang penyuapan". Malahan, KPK tidak segan-segan menempatkan Gary yang sebenarnya adalah pelaku utama sebagai justice collaborator.
Sementara, dalam Surat Edaran Mahkamah Agung (MA) No. 4 Tahun 2011 tentang Perlakuan Bagi Pelapor Tindak Pidana (Whistle Blower) dan Saksi Pelaku yang Bekerja Sama (Justice Collaborator) di dalam Tindak Pidana Tertentu, ditetapkan bahwa justice collaborator merupakan pelaku yang mengakui perbuatannya dan bukan pelaku utama.
"Sementara, Gary adalah pelaku utama dalam kejahatan suap yang ditangkap dalam Operasi Tangkap Tangan KPK di kantor PTUN Medan. Ketentuan SEMA ini diabaikan dan dilanggar begitu saja oleh KPK karena saya telah menjadi target operasi KPK. Saya telah diduga, disangka sebagai penjahat jauh sebelum saya diculik dan ditetapkan sebagai tersangka," ucapnya.
OC Kaligis menduga penetapannya sebagai tersangka karena sikap antikritik KPK yang akan memusuhi siapapun di luar KPK yang mengkritisi KPK. Padahal, OC Kaligis mengaku kritikannya kepada KPK bukan karena ia membenci KPK dengan dengan segala misinya yang mulia, melainkan karena kecintaannya kepada KPK.
Oleh karena itu, OC Kaligis meminta majelis hakim yang diketuai Sumpeno menerima seluruh nota keberatannya dan tim pengacaranya. OC Kaligis juga meminta majelis menyatakan surat dakwaan batal demi hukum atau setidak-tidaknya tidak dapat diterima. Selain itu, OC Kaligis meminta majelis membebaskannya dari tahanan.