Dalam putusannya, Mahkamah menginventarisir ada dua jenis permasalahan yang dipersoalkan pemohon. Yakni, masalah yang bersifat kualitatif dan kuantitatif. Masalah kualitatif terdiri dari bantuan International Foundation for Electoral Systems (IFES) yang dinilai sebagai campur tangan asing, penghapusan atau pengurangan Tempat Pemungutan Suara (TPS), Daftar Pemilih Tetap (DPT) dan Pelanggaran Pemilu lainnya. Sedangkan, masalah kuantitatif terkait isu penggelembungan dan pengurangan suara.
Secara tegas, Mahkamah menjelaskan pemohon tak dapat membuktikan permasalahan-permasalahan tersebut secara hukum sehingga dapat mempengaruhi keabsahan pemilu. Tidak ditemukan bukti-bukti yang cukup baik kualitatif maupun kuantitatif untuk menyatakan bahwa hasil Pemilu Presiden dan Wakil Presiden Tahun 2009 adalah cacat hukum dan tidak sah, sebut Mahkamah dalam pertimbangan hukumnya.
Meski begitu, Mahkamah mengakui dalam pelaksanaan pilpres memang terdapat beberapa kelemahan. Yakni, dari segi UU No. 42 Tahun 2008 tentang Pilpres sampai kelemahan terkait penyelenggaraan pilpres. Mahkamah menilai KPU mudah dipengaruhi oleh tekanan publik, termasuk para peserta pemilu. Sehingga KPU terkesan kurang kompeten dan kurang profesional, serta kurang menjaga citra independensi dan netralitasnya.
"Menimbang bahwa meskipun pemilu presiden dan wakil presiden Tahun 2009 masih banyak kelemahan, kekurangan, dan ketidaksempurnaan, serta berbagai pelanggaran pemilu sebagian terbukti dan beralasan, namun menurut Mahkamah tidak terjadi pelanggaran Pemilu yang dapat dikategorikan sebagai pelanggaran yang bersifat terstruktur, sistematis dan masif yang dapat berakibat pemilu kehilangan keabsahannya," ujar Hakim Konstitusi Maruarar Siahaan.
Lebih jauh, Mahkamah bahkan mempersilahkan pelanggaran-pelanggaran pilpres itu dibawa ke jalur hukum. Yakni, ke peradilan umum. "Pelanggaran pidana pemilu dan pelanggaran pemilu lainnya yang belum ditindaklanjuti, meskipun secara signifikan terhadap komposisi perolehan suara, dapat diproses lebih lanjut," sebut Mahfud saat membacakan konklusi putusan.
Anggota KPU Andi Nurpati mengatakan sejumlah catatan-catatan yang diberikan MK bisa dijadikan sebagai bahan koreksi. Ia menjelaskan bukan hanya kinerja KPU secara administrasi yang diperbaiki, tetapi UU yang mengatur pemilu juga harus diperbaiki. "Ini tugas kita semua. Bukan tugas KPU saja," tegasnya.
Bantuan Asing
Dalam putusannya, Mahkamah juga mempertimbangkan dalil pemohon terkait keterlibatan pihak asing dalam Pilpres 2009. Yakni, terkait bantuan dana yang digelontorkan International Foundation for Electoral Systems (IFES) kepada KPU. Mahkamah berpendapat bantuan pihak asing dalam penyelenggaraan Pemilu di Indonesia bukanlah hal yang baru. Setidaknya sejak berlangsungnya Pemilu di era reformasi (Pemilu 2004 dan Pemilu 2009). Bantuan terdiri, di antaranya, digunakan untk pendidikan pemilih, teknologi dan sebagainya.