Yuddy mengatakan rapat kabinet terbatas telah memutuskan bahwa urusan pemerintahan desa tetap dilaksanakan oleh Kementerian Dalam Negeri. Nantinya, ada satu Direktorat Jenderal yang akan menangani hal itu. Sementara, urusan terkait perencanaan dan monitoring program-program pembangunan desa, dan pemberdayaan desa dilaksanakan oleh Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal dan Transmigrasi.
Sebagaimana diketahui dalam Rancangan Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara Perubahan (RAPBN-P) Tahun 2015, pemerintah telah menambah alokasi anggaran desa dari Rp 9 triliun menjadi Rp 20 triliun. Dengan demikian, setiap desa akan memperoleh anggaran sebesar Rp 750 juta untuk satu tahun anggaran, yang bisa digunakan untuk pembangunan infrastruktur di pedesaan.
Persoalan muncul karena ada dua kementerian yang merasa memiliki wewenang mengurus desa, yaitu Kementerian Dalam Negeri (Kemendagri) dan Kementerian Desa, PDT, dan Transmograsi.
Mendagri Tjahjo Kumolo beralasan, sesuai UU Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa, seharusnya pemerintahan desa berada di bawah kendali Kementerian Desa. Kewenangan mengurusi desa ini, menurut Pasal 2, meliputi pemerintahan, pembangunan, serta pembinaan dan pemberdayaan masyarakat desa.
Sementara pihak yang berpendapat urusan Desa dibawah Kementerian Desa, PDT, dan Transmigrasi merujuk pada Peraturan Presiden Nomor 165 Tahun 2014 tentang Penataan Tugas dan Fungsi Kabinet Kerja, bahwa penyelenggaraan tugas dan fungsi pada bidang desa akan pindah ke Kementerian Desa. Tugas itu meliputi kelembagaan dan pelatihan masyarakat desa, pemberdayaan adat dan sosial budaya masyarakat desa, serta sumber daya alam dan teknologi tepat guna pedesaan.