Selain itu, Pengadilan Pajak juga berbeda dengan pengadilan-pengadilan khusus lainnya, seperti, Pengadilan Niaga, Pengadilan HAM yang keberadaannya di lingkungan peradilan umum, atau masuk ke salah satu dari keempat lingkungan peradilan yang ada.
Kini, dalam RUU pengganti UU Pokok-Pokok Kekuasaan Kehakiman, terdapat pasal yang menyatakan bahwa Pengadilan Pajak merupakan pengadilan khusus yang berada di lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara.
Pasal 15 ayat 1 RUU itu menyebutkan bahwa pengadilan khusus hanya dapat dibentuk dalam salah satu lingkungan peradilan sebagaimana disebut dalam pasal 10 RUU, yaitu badan peradilan dalam lingkungan peradilan umum, peradilan agama, peradilan militer, dan peradilan tata usaha negara.
Sementara dalam penjelasan pasal 15 RUU menyebutkan dengan tegas bahwa yang dimaksud dengan pengadilan khusus antara lain, pengadilan anak, pengadilan niaga, pengadilan HAM, pengadilan tindak pidana korupsi, pengadilan hubungan industrial yang berada di lingkungan peradilan umum dan pengadilan pajak di lingkungan peradilan tata usaha negara.
Memperbaiki
Menurut Roni SH Bako, anggota Tim Asistensi Perundang-undangan Badan Legislasi DPR, yang juga pengajar FH Universitas Pelita Harapan, Tangerang, UU Pengadilan Pajak harus diamandemen mengikuti ketentuan RUU pengganti UU 14/1970. Pasalnya, UU Kekuasaan Kehakiman adalah undang-undang payung dan yang terbaru.
Roni mengatakan, dicantumkannya soal pengadilan pajak yang berada dibawah peradilan TUN merupakan upaya untuk memperbaiki kesalahan dalam UU peradilan pajak yang menyebutkan bahwa peradilan pajak berdiri sendiri.
Menurutnya, saat pembahasan RUU Pengadilan Pajak sudah dinyatakan bahwa Pengadilan Pajak berada dibawah PTUN. Tapi tiba-tiba saja bunyi UU itu berubah. "Agar kecolongan kemarin tidak terjadi lagi, maka (kali ini) dimasukkan ke lingkup PTUN," ujarnya.