Selain mendesak Kejaksaan Agung untuk membentuk tim penyidik Ad hoc kasus pelanggaran HAM berat Abepura, Komnas HAM juga mendesak pemerintah untuk segera mengeluarkan Peraturan pemerintah mengenai konpensasi, restitusi dan rehabilitasi, sebagaimana yang tercantum dalam Pasal 35 ayat (3) UU No. 26 Tahun 2000. "Menimbang keadaan korban pelanggaran HAM berat Abepura saat ini, pemerintah hendaknya memberikan ganti rugi," ungkap Djoko.
Selanjutnya, Komnas HAM mendesak guna mencegah terulangnya (non-recurrence) pelanggaran HAM seperti peristiwa Abepura dimasa depan, maka perlu diambil kebijakan dan tindakan untuk meningkatkan profesionalisme anggota Polri dari jajaran pimpinan sampai dengan pangkat terendah. Yaitu melalui pendidikan dan latihan serta sosialisasi nilai-nilai penghormatan terhadap HAM.
Tidak mengacu KUHP
Kepada wartawan, Djoko Soegiarto juga menjelaskan bahwa penanganan penyelesaian kasus-kasus pelanggaran HAM berat sepenuhnya mengacu pada ketentuan internasional. "Baik itu konvensi internasional, International customary law, dan tidak sama sekali mengacu kepada KUHP," jelas Djoko.
Menurut Djoko hal ini bisa dilihat dalam pasal 104 UU No. 39 Tahun 1999 dan UU No. 26 Tahun 2000. "Jadi dalam memutus dan memeriksa kasus pelanggaran HAM berat hakim-hakim maupun penyidik mengacu pada hukum internasioan dan bukan KUHP". jelas Djoko.
Sementara itu, Asmara Nababan yang juga merupakan Sekjen Komnas HAM mengatakan bahwa penyelesaian berbagai masalah HAM di Indonesia harus segera dituntaskan. Alasannya, komnas HAM tidak punya pilihan dengan besarnya tekanan masyarakat Indonesia untuk menyelesaiak masalah HAM yang terjadi di Indoensia. "Jadi kami mesti optimistis bahwa masalah pelanggaran HAM bisa kami selesakan," tegas Asmara.