Dalam membuat suatu kesepakatan para pihak tidak boleh membuat perjanjian yang dilarang oleh undang-undang, bertentangan dengan kesusilaan atau ketertiban umum. Jadi, bagaimanapun juga, asas kebebasan berkontrak yang diatur dalam Pasal 1338 ayat (1) KUHPerdata tetap ada batas-batasnya. Hal ini disebabkan karena kesusilaan dan hukum tidak dapat dipisahkan satu sama lain. Oleh karena itulah dalam Pasal 1337 KUHPerdata disebutkan bahwa Suatu sebab adalah terlarang apabila dilarang oleh undang-undang, atau apabila berlawanan dengan kesusilaan ataupun ketertiban umum.
Klausula Hitam
Insan Budi Maulana dalam bukunya Lisensi Paten (Citra Aditya Bakti, Bandung 1996) mengemukakan tiga pembatasan yang terdapat di dalam perjanjian lisensi, yakni pembatasan yang tidak dapat digolongkan sebagai praktik dagang yang tidak jujur (klausula putih), pembatasan yang mungkin dapat digolongkan sebagai praktik dagang yang tidak jujur (klausula abu-abu) dan pembatasan yang amat mungkin digolongkan sebagai praktik dagang yang tidak jujur (klausula hitam).
Pembatasan yang dapat digolongkan sebagai klausula hitam atau praktik dagang yang tidak jujur, antara lain; membatasi harga penjualan kembali dari produk-produk yang dipatenkan, membatasi harga penjualan dari produk-produk yang dipatenkan, mengharuskan penerima lisensi untuk tidak menangani produk-produk yang bersaing, atau untuk tidak menggunakan teknologi bersaing setelah berakhirnya atau dihentikannya perjanjian lisensi.
Direktorat Jenderal HKI wajib menolak permohonan pencatatan perjanjian lisensi yang memuat ketentuan sebagaimana tersebut di atas. Perjanjian Lisensi harus dicatatkan di Daftar Umum, dan apabila tidak dicatatkan maka perjanjian lisensi tersebut tidak berlaku terhadap pihak ketiga. Semua ketentuan tersebut dapat di lihat pada seperangkat perundang-undangan HKI.
Namun, seperangkat perundang-undang HKI tersebut tidak menjelaskan lebih lanjut tentang batasan-batasan apa yang dapat dikategorikan sebagai ketentuan yang merugikan perekonomian Indonesia.
Larangan Praktek Monopoli dan Persaingan Usaha Tidak Sehat
Untuk menilai apakah suatu ketentuan dalam perjanjian lisensi dapat mengakibatkan terjadinya persaingan usaha yang tidak sehat, dapat digunakan sebagai acuan ketentuan-ketentuan dalam Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1999 Tentang Larangan Praktek Monopoli dan Persaingan Usaha Tidak Sehat. Namun, Perjanjian Lisensi dan HKI dikecualikan dari Undang-Undang ini. Jelas terlihat adanya tumpang tindih (over lapping) diantara dua rezim hukum ini.
Apabila terjadi sengketa, dapatkah si licensor atau licensee diadukan ke KPPU? Berwenangkah KPPU untuk memeriksa perkara tersebut? Timbul pro dan kontra diantara pakar hukum. Sebagian pakar hukum berpendapat, bisa saja dan sebagian tidak!