Dalam Perpres disebutkan, TNI mempunyai tiga tugas pokok: a. menegakkan kedaulatan negara; b. mempertahankan keutuhan wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia yang berdasarkan Pancasila dan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945; dan c. melindungi segenap bangsa dan seluruh tumpah darah Indonesia dari ancaman dan gangguan terhadap keutuhan bangsa dan negara.
Sedangkan sebagai alat pertahanan negara, menurut Perpres ini, TNI mempunyai fungsi sebagai: a. penangkal terhadap setiap bentuk ancaman militer dan ancaman bersenjata dari luar dan dalam negeri terhadap kedaulatan, keutuhan wilayah dan keselamatan bangsa; b. penindak terhadap setiap bentuk ancaman sebagaimana dimaksud pada huruf a; dan c. pemulih terhadap kondisi keamanan negara yang terganggu akibat kekacauan keamanan.
Baca:
Organisasi Menurut Perpres ini, organisasi TNI disusun secara hierarki dan piramidal, dan Markas Besar TNI membawahkan Markas Besar TNI Angkatan Darat, Markas Besar TNI Angkatan Laut, dan Markas Besar TNI Angkatan Udara. Panglima, menurut Perpres ini, membawahkan Kepala Staf Angkatan dalam pembinaan kekuatan. Selain itu, Panglima membawahkan langsung panglima Kotama Ops/komandan Kotama Ops dalam penggunaan kekuatan.
Adapun TNI Angkatan Darat, TNI Angkatan Laut, dan TNI Angkatan Udara dalam pembinaan kekuatan masing-masing dipimpin oleh Kepala Staf Angkatan. Masing-masing Kepala Staf Angkatan membawahkan Kotama Bin dalam pembinaan kekuatan masing-masing Angkatan.
Ditegaskan dalam Perpres ini, tataran kewenangan Penggunaan Kekuatan TNI dan Pembinaan Kekuatan TNI sesuai dengan Doktrin TNI. Demikian juga tataran kewenangan pembinaan kekuatan Angkatan sesuai dengan Doktrin Angkatan. “Ketentuan lebih lanjut mengenai tataran kewenangan sebagaimana dimaksud diatur dengan Peraturan Panglima,” bunyi Pasal 11 ayat (3) Perpres ini.
Kepala Staf Kepresidenan Moeldoko menilai jabatan Wakil Panglima TNI tidak akan menimbulkan dualisme kepemimpinan di institusi TNI. "Nggak, di tentara nggak ada dualisme. Kalau ngak beres, tetap yang salah di bawah. Apalagi kalau tentara dikatakan insubordinasi, pidana!" kata Moeldoko sebagaimana dilansir dari Antara.