Andi menurut majelis juga berperan besar atas terjadinya korupsi e-KTP. Meskipun berstatus JC, tetapi Andi dianggap sebagai pelaku utama dalam perkara ini karena perannya sangat dominan baik dalam penganggaran maupun dalam pelaksanaan proyek e-KTP hingga negara dirugikan triliunan rupiah.
"Terlepas statusnya sebagai Justice Collaborator, sehingga terdakwa dapat dikategorikan sebagai pelaku utama disamping itu ancaman hukuman dalam Pasal 2 UU No.31 Tahun 1999 Jo UU No.20 tahun 2001 adalah 20 tahun atau seumur hidup, sehingga Pengadilan Tinggi berdasarkan rasa keadilan akan menjatuhkan putusan sebagaimana tersebut dalam amar putusan di bawah ini."
Pengadilan Tinggi menganggap Majelis Hakim Tingkat pertama telah keliru dalam menerapkan hukum, khususnya dalam menerapkan unsur “Menyalahgunakan kewenangan, kesempatan atau sarana yang ada padanya karena jabatan atau kedudukan dalam Pasal 3 dalam UU No.31 Tahun 1999 Jo.UU No.20 tahun 2001.
Dalam memori bandingnya, penuntut umum KPK beranggapan Pengadilan Tipikor tidak mempertimbangkan keberadaan Terdakwa yang telah bekerja sama Irman, Sugiharto, Diah Anggraini, Setya Novanto, Isnu Edhi Wijaya dan Drajad Wisnu Setyawan yang mengakibatkan kerugian negara sebesar Rp2,3 triliun dari kasus korupsi ini.
Sebagai pihak swasta, Andi memang tidak mempunyai kewenangan baik dalam bidang penganggaran hingga pengadaan barang dan jasa dalam proyek e-KTP. Namun pada kenyataannya sesuai dengan fakta di persidangan, ia mempunyai wewenang dan pengaruh terhadap para Pegawai Negeri Sipil di Lingkungan Kementerian Dalam Negeri serta anggota DPR RI.
Meskipun begitu, Andi dianggap telah kooperatif dan bekerja sama dengan penyidik untuk mengungkap pelaku utama dalam perkara ini, sehingga ia menyandang status sebagai Justice Collaborator (JC) berdasarkan surat keputusan Pimpinan KPK No.KEP 1536 / 01-55/12/2017 tanggal 5 Desember 2017.
Atas pertimbangan itu, majelis memperberat hukuman Andi. "Menjatuhkan pidana kepada Terdakwa Andi Agustinus alias Andi Narogong dengan pidana penjara selama 11 tahun dan denda sebesar Rp1 milyar dengan ketentuan apabila denda tersebut tidak dibayar akan diganti dengan pidana kurungan selama 6 bulan," kata majelis yang dipimpin Danier Dalle Pairunan sebagai ketua didampingi I Nyoman Adi Juliasa, Achmad Yusak, Jening Tyastiyanto, dan Rusydi sebagai anggota.
Majelis juga menjatuhkan pidana tambahan berupa pembayaran uang pengganti US$2,5 juta dan Rp1,186 milyar diperhitungkan dengan pengembalian sebesar US$350 ribu, selambat-lambatnya 1 bulan setelah putusan memperoleh kekuatan hukum tetap. Jika dalam jangka waktu tersebut tidak membayar uang pengganti, maka harta bendanya disita oleh Jaksa dan dilelang untuk menutupi uang pengganti. Apabila Terpidana tidak mempunyai harta benda yang mencukupi untuk membayar uang pengganti, maka Terdakwa dipidana dengan pidana penjara selama 3 tahun.