Lebih lanjut dikatakan bahwa dalih nebis in idem tidak dapat diberlakukan dalam perkara pelanggaran HAM berat. Dalam perkara pelanggaran HAM berat, ketentuan mengenai atasan yang berhak menghukum (Ankum) dan Perwira Penyerah Perkara yang dikenal dalam pengadilan militer dinyatakan tidak berlaku lagi. Untuk menguatkan dalilnya, Kontras merujuk pada pasal 49 UU No. 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan HAM.
Benarkah DPR tidak berhak melakukan penyidikan projustisia kasus pelanggaran HAM berat? Pasal 21 ayat (1) UU No. 26 tahun 2000 tegas menyatakan penyidikan dilakukan oleh Jaksa Agung. Tetapi, kewenangan itu tidak bersifat mutlak. Sebab, ayat 3 pasal tersebut membuka peluang pihak lain sebagai penyidik ad hoc, yaitu unsur Pemerintah dan masyarakat.
Agar dapat menjadi penyidik ad hoc, kedua elemen di atas harus diangkat oleh Jaksa Agung. Dengan demikian ada dua persoalan menyangkut kesimpulan DPR. Pertama, apakah DPR termasuk kategori--unsur Pemerintah atau masyarakat--yang disebut dalam pasal 21 ayat (3) UU No. 26/2000. Kalaupun dibenarkan, pertanyaan kedua, apakah tim DPR pernah diangkat oleh Jaksa Agung? Dan itulah kerancuan-kerancuan yang muncul dalam penegakan HAM di Indonesia.
Tidak aneh kalau Human Rights Watch Asia menganggap penegakan hak asasi manusia di Indonesia penuh ketidakpastian. Bayangkan berapa daya, waktu dan dana yang sudah dihabiskan; berapa lembaga yang sudah terlibat untuk menyelidiki kasus dugaan penembakan mahasiswa baik dalam tragedi Trisakti maupun Semanggi I dan II.