Kalau dikaji secara ilmiah dan dilihat dari efektivitas di lapangan, Buyung berpendapat model hakim komisaris sangat lemah. Pasalnya, hakim komisaris lebih bersifat administratif, tertutup dan tergantung pada hakim komisaris yang bersangkutan saja. "Tidak ada partisipasi publik, tidak ada kontrol terbuka dari publik," tuturnya.
Karena itu, dilihat dari prinsip-prinsip demokrasi, khususnya good governance, transparansi, public accountability dan partisipasi publik, maka sistem itu amat lemah. Berbeda dengan praperadilan yang terbuka dan disidangkan.
Buyung mengakui berbagai kelemahan praperadilan. Menurutnya, pada awalnya konsep praperadilan yang ia susun jauh lebih kuat dan lebih besar wewenangnya dari apa yang terdapat dalam KUHAP. Namun, konsepnya itu dipotong DPR dan pemerintah. sehingga akhirnya peraperadilan diberi kewenangan yang amat terbatas hanya sekedar pengujian formal belaka.
Ia mencontohkan, jika seseorang mempersoalkan penahanannya, maka hakim hanya akan bertanya apakah ada Surat Perintah Penahanan. "Jika ada SPP-nya cukup. Padahal, seharusnya dilihat terlebih dahulu apakah SPP itu ada dasar hukumnya, ada bukti-buktinya dan ada urgensinya,"tukasnya.
Menurutnya, hakim seharusnya menguji apakah penahanan memenuhi syarat-syarat hukum mengenai penahanan. Buyung menilai, saat ini umumnya hakim tidak berani menguji materi, yaitu kebenaran dari alasan-alasan hukum maupun alasan faktual dari penahanan.
Yang perlu dilakukan, menurut Buyung, adalah tetap mempertahankan lembaga praperadilan, namun lebih diberdayakan. "Tidak perlu ada hakim komisaris. Sama-sekali tidak perlu," tegasnya.
Menutupi Kelemahan Praperadilan
Berbeda dengan Buyung, ahli hukum Pidana Harkristuti Harkrisnowo menyatakan sistem hakim komisaris diharapkan dapat menutupi kelemahan praperadilan yang diterapkan saat ini. Menurut Harkristuti, kewenangan pra peradilan memang sangat terbatas, sementara hakim komisaris nantinya akan mempunyai kewenangan yang sangat besar dibandingkan dengan praperadilan.