Soal tidak diaturnya pengurangan pajak pada UU Yayasan, Chatamarrasjid mengatakan bahwa pengurangan pajak seharusnya ditujukan hanya pada kegiatan sosial kemanusiaan. Karena masalah perpajakan adalah masalah yang kompleks, menurut Chatamarrasjid, sebaiknya memang diatur dalam UU Perpajakan dan bukan pada UU Yayasan.
Selanjutnya mengenai penyalahgunaan bentuk badan hukum yayasan, Chatamarrasjid menjelaskan bahwa semua itu berpulang pada pribadi masing-masing para pendiri yayasan. Jika ada niat dari para pendiri yayasan untuk memiliki yayasan tesebut demi kepentingannya sendiri, maka peluang penyalahgunaan akan terbuka lebar. Hal sebaliknya juga berlaku demikian.
LSM berbadan hukum PT
Suatu terobosan eksperimental dilakukan oleh organisasi yang bernama REMDEC (Resource Management and Development Consultant). Lembaga ini memilih bentuk badan hukum Perseroan Terbatas (PT) sebagai alternatif strategi kelembagaan penguatan kapasitas gerakan organisasi masyarakat sipil.
Handoko dari REMDEC mengatakan, pilihan bentuk badan hukum PT oleh REMDEC merupakan pilihan strategi untuk merepons keadaan. PT memberikan ruangan yang cukup bagi REMDEC untuk memasuki mekanisme pasar dan berkompetisi secara wajar dalam mendapatkan sumber dana dari penjualan jasa yang dilakukan. Hubungan dengan pembeli jasa (termasuk founding agency) berdasarkan kesepakatan jual beli.
Dengan sekian banyak keuntungan bentuk badan hukum PT ini, Handoko juga mengakui masih adanya kendala dalam pelaksanannya. Yaitu masih sulitnya budaya kerja SDM karena terbiasa dengan komunitas NGO. Harga jasa REMDEC menjadi mahal karena adanya beban untuk membayar pajak.
Selain yayasan dan PT, sebenarnya masih ada lagi alternatif badan hukum yang dapat dipilih oleh suatu LSM. Misalnya perkumpulan, yang sudah dipilih selama 17 tahun oleh Perkumpulan Untuk Peningkatan Usaha Kecil (PUPUK). Tinggal sekarang terpulang pada aktivis LSM untuk memilih "kendaraan" yang dianggap sesuai dengan visi masing-masing.