Dengan diberlakukannya UU No. 16 Tahun 2001 tentang Yayasan, diharapkan akan ada kepastian hukum bagi bentuk organisasi yang selama ini kadangkala disalahgunakan demi kepentingan pribadi. Bentuk yayasan ini pulalah yang dinilai cocok sebagai bentuk badan hukum bagi LSM karena ditujukan untuk kepentingan sosial kemasyarakatan, di samping bentuk-bentuk badan hukum lainnya.
Namun demikian, masih juga terdapat penolakan-penolakan oleh sebagian LSM terhadap bentuk badan hukum yayasan ini. Alasan-alasan yang mengemuka antara lain bahwa status badan hukum yayasan baru diperoleh setelah mendapat pengesahan dari Menteri Kehakiman (atau dapat melalui Kanwil Kehakiman atas nama menteri). Juga, negara dapat membubarkan yayasan dengan alasan mengganggu ketertiban umum.
Alasan lainnya, UU Yayasan tidak mengatur mengenai pembebasan atau pemotongan pajak bagi yayasan. Yayasan juga tidak dapat mengembangkan unit-unit usaha yang dapat mendukung kesinambungan kehidupan yayasan. Karena itu, pendanaannya bergantung kepada donor. Dikhawatirkan juga, terjadi penyalahgunaan badan hukum yayasan untuk tujuan-tujuan yang tidak bersifat sosial dan kemanusiaan.
Pilihan taktis
Menanggapi kebingungan para aktifis LSM tersebut, praktisi hukum Abdul Hakim Garuda Nusantara mengatakan bahwa sebenarnya pilihan jenis badan hukum oleh LSM adalah lebih kepada pilihan taktis dan strategis LSM tersebut. Bentuk badan hukum yang dipilih seharusnya bisa digunakan sebagai "kendaraan" untuk memperlancar aktifitas LSM tersebut.
Nono Anwar Makarim juga berpendapat bahwa jika berfikir dalam suatu kerangka hukum dan diteliti pasal serta penjelasannya dalam UU Yayasan sebenarnya LSM dapat beroperasi seperti sedia kala. "Paling hanya berubah sedikit pada struktur organisasinya," ujar pakar hukum bisnis yang juga aktif di LSM.
Menanggapi keberatan-keberatan LSM tentang campur tangan negara dalam UU Yayasan, Nono menjelaskan bahwa adanya campur tangan negara dalam penentuan status badan hukum suatu organisasi adalah sesuatu yang wajar. Dengan konsep kedaulatan seutuhnya ada di tangan negara, maka jika ada suatu organisasi ingin mengatur kegiatannya, pelimpahan sebagian kedaulatan negara tersebut harus seijin negara.
Sedangkan mengenai pembubaran badan hukum karena melanggar ketertiban umum, Chatamarrasjid Ais mengatakan bahwa hal itu tidak spesifik berlaku pada yayasan saja. Dekan FH Universitas Yarsi ini berpendapat bahwa pembubaran ini juga berlaku pada PT sesuai UUPT No 1 Tahun 1995. Hanya saja, pembubaran ini haruslah melalui putusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap.
Soal tidak diaturnya pengurangan pajak pada UU Yayasan, Chatamarrasjid mengatakan bahwa pengurangan pajak seharusnya ditujukan hanya pada kegiatan sosial kemanusiaan. Karena masalah perpajakan adalah masalah yang kompleks, menurut Chatamarrasjid, sebaiknya memang diatur dalam UU Perpajakan dan bukan pada UU Yayasan.
Selanjutnya mengenai penyalahgunaan bentuk badan hukum yayasan, Chatamarrasjid menjelaskan bahwa semua itu berpulang pada pribadi masing-masing para pendiri yayasan. Jika ada niat dari para pendiri yayasan untuk memiliki yayasan tesebut demi kepentingannya sendiri, maka peluang penyalahgunaan akan terbuka lebar. Hal sebaliknya juga berlaku demikian.
LSM berbadan hukum PT
Suatu terobosan eksperimental dilakukan oleh organisasi yang bernama REMDEC (Resource Management and Development Consultant). Lembaga ini memilih bentuk badan hukum Perseroan Terbatas (PT) sebagai alternatif strategi kelembagaan penguatan kapasitas gerakan organisasi masyarakat sipil.
Handoko dari REMDEC mengatakan, pilihan bentuk badan hukum PT oleh REMDEC merupakan pilihan strategi untuk merepons keadaan. PT memberikan ruangan yang cukup bagi REMDEC untuk memasuki mekanisme pasar dan berkompetisi secara wajar dalam mendapatkan sumber dana dari penjualan jasa yang dilakukan. Hubungan dengan pembeli jasa (termasuk founding agency) berdasarkan kesepakatan jual beli.
Dengan sekian banyak keuntungan bentuk badan hukum PT ini, Handoko juga mengakui masih adanya kendala dalam pelaksanannya. Yaitu masih sulitnya budaya kerja SDM karena terbiasa dengan komunitas NGO. Harga jasa REMDEC menjadi mahal karena adanya beban untuk membayar pajak.
Selain yayasan dan PT, sebenarnya masih ada lagi alternatif badan hukum yang dapat dipilih oleh suatu LSM. Misalnya perkumpulan, yang sudah dipilih selama 17 tahun oleh Perkumpulan Untuk Peningkatan Usaha Kecil (PUPUK). Tinggal sekarang terpulang pada aktivis LSM untuk memilih "kendaraan" yang dianggap sesuai dengan visi masing-masing.