Demikian pula dengan semua pegawai yang menduduki jabatan struktural pada Direktorat Pembinaan Peradilan Agama Departemen Agama, akan menduduki jabatan yang sama tapi di bawah naungan MA. Hal yang sama juga berlaku terhadap aset milik atau barang inventaris pada pengadilan agama dan pengadilan tinggi agama yang akan beralih menjadi inventaris MA.
Selain itu, RUU Perubahan UU No.7/1989 juga melakukan perubahan terhadap kewenangan maupun hukum acara Peradilan Agama. Ketentuan baru di Pasal 3A RUU memungkinkan pembentukan pengadilan khusus di lingkungan Peradilan Agama.
Kemudian, Pasal 52A RUU Perubahan UU No.7/1989 juga memberikan kewenangan kepada Pengadilan Agama dalam hal penetapan (isbath) terhadap orang yang telah melihat awal bulan Ramadhan dan Syawal, serta menetapkan Idul Adha pada setiap tahun Hijriyah dalam rangka Menteri Agama mengeluarkan penetapan secara nasional untuk rukyat hilal.
Perubahan Pasal 50
Mengenai hukum acara, RUU Perubahan No.7/1989 mengubah ketentuan Pasal 50 yang mengatur soal penyelesaian obyek sengketa perdata atau hak milik antara subyek hukum yang beragama Islam dengan non Islam. Pasal 50 kemudian dibagi menjadi dua ayat yang masing-masing dibedakan bagi kedua subyek hukum tersebut untuk efisiensi.
Sekadar mengingatkan, ketentuan dalam Pasal 50 UU No.7/1989 menjadikan perkara yang diperiksa di Peradilan Agama harus dihentikan apabila dalam suatu perkara terkait hak milik atau perdata lainnya yang tidak termasuk kompetensi Peradilan Agama.
Masih menurut Pasal 50 UU No.7/1989, perkara terkait hak milik atau perdata lainnya tersebut diserahkan dulu ke pengadilan di lingkungan peradilan umum. Hal demikian membuat berlarut-larutnya proses perkara bersangkutan di Peradilan Agama.
Para pengusul melihat bahwa dalam prakteknya Pasal 50 UU No.7/1989 sering disalahgunakan oleh pihak yang merasa akan dirugikan dengan adanya perkara di Pengadilan Agama tersebut.