Dalam menangani kasus ini. Kejaksaan telah melakukan pencegahan terhadap Samadikun sebanyak tiga kali. Pertama pada tahun 2000, lalu diperpanjang tahun berikutnya. Terakhir, ia dicegah bepergian ke luar negeri pada 2003.
Di satu sisi, memang putusan PN Jakarta Pusat memerintahkan untuk memulihkan hak-hak terdakwa. Bisa jadi terdakwa menganggap putusan tingkat pertama itu berarti terdakwa berlaku bebas. Akan tetapi, jaksa Yan W. Mere menyatakan kasasi.
Tiga surat jaminan
Seiring dengan pengajuan memori kasasi, Kejaksaan juga membuat surat pencegahan bepergian ke luar negeri terhitung mulai 21 Maret 2003. Alasannya, jika nanti permohonan kasasi diterima, akan lebih mudah dieksekusi.
Belakangan terungkap bahwa sebulan sebelum cekal ketiga itu, tepatnya pada Februari 2003, Kejaksaan sudah menerima tiga surat 'jaminan'. Pertama, surat jaminan yang dibuat Ny. Nelly Chandra, yang tidak lain adalah isteri Samadikun sendiri. Kedua, surat dari R. Awamoto, Sekretaris Bagian Kardiologi dan Katarisasi Kamamura General Hospital, Tokyo. Dan ketiga, surat dari dr Yamin dan dr Kunardi Budiharjo dari Rumah Sakit Honoris Tangerang.
Atas dasar jaminan itulah Jampidsus mengeluarkan izin berobat, meskipun Samadikun masih dalam status cekal. Kejaksaan bersandar pada dua hal. Pertama, kewenangan memberi izin itu ditolerir dalam pasal 33 Undang-Undang No. 5 Tahun 1991 tentang Kejaksaan. Kedua, putusan PN Jakarta Pusat yang membebaskan Samadikun. Surat izin untuk berobat ke Jepang diterbitkan pada 27 Maret 2003, tetapi hanya berlaku untuk 14 hari.
Pada awal Juni 2003, majelis hakim agung pimpinan Toton Suprapto mengumumkan secara terbuka bahwa putusan PN Jakarta Pusat sudah dianulir. MA menyatakan Samadikun terbukti korupsi dan menjatuhkan vonis 4 tahun penjara.
Walaupun sudah diumumkan secara terbuka dan langsung oleh ketua majelis hakim agung kasasi, Kejaksaan tidak langsung melakukan eksekusi. Alasannya selalu klise, kejaksaan belum menerima salinan putusan. Memang, salinan putusan itu baru diterima Kejari Jakarta Pusat pada Juli 2003.