Tergugat merasa keberatan dengan status dari 58 penggugat yang menyatakan bahwa mereka adalah pemerhati, aktivis, pendidik dan orang tua murid. Padahal beberapa diantara deretan penggugat bukanlah pemerhati, aktivis, pendidik dan orang tua murid. Contohnya; diantara deretan penggugat adalah artis, karyawan, ibu rumah tangga, pekerja di sanggar Ciliwung, Ketua Lembaga Perlindungan Konsumen Surabaya. Lebih lanjut, kuasa hukum para tergugat menilai gugatan dari penggugat sama sekali tidak menjelaskan mengenai hubungan hukum antara 58 orang penggugat dengan korban ujian nasional.
Selain itu, para tergugat menyatakan bahwa para penggugat sudah tidak representatif lagi untuk dapat mewakili 389.049 korban ujian nasional. Pasalnya, pada tanggal 28,29, dan 30 Agustus 2006, para siswa yang tidak lulus ujian nasional telah mengikuti Ujian Paket B atau Ujian Paket C. Bila para siswa tersebut lulus ujian tersebut, penggugat sudah tidak lagi berkepentingan untuk mengajukan gugatan ini.
Ditemui seusai sidang, kuasa hukum tergugat presiden RI yaitu Agus Sari Dewi mengungkapkan bahwa gugatan yang diajukan oleh penggugat bukanlah CLS. Gugatannya bukan merupakan gugatan CLS karena bahwa memang untuk menjadi suatu gugatan CLS itu harus benar-benar kapasitasnya sebagai apa, apakah sebagai pemerhati, pendidik, itu harus jelas dan notifikasi juga harus jelas.
Sementara itu, Romy Leo Rinaldo, salah seorang kuasa hukum penggugat optimis bahwa gugatan ini merupakan CLS. Kami yakin apa yang kami gugat dengan korban dalam skala nasional telah tepat untuk digunakan dalam mekanisme CLS begitu ujarnya.
Menanggapi tanggapan dari para tergugat yang menyatakan bahwa para penggugat tidak berkepentingan untuk melayangkan gugatan karena beberapa diantara penggugat bukanlah pemerhati, aktivis, pendidik dan orang tua murid, Romy mengelaknya dengan alasan bahwa pendidikan bersifat universal dan menjadi bagian dari kehidupan sehari-hari sehingga siapapun dianggap berkepentingan.
Lebih lanjut, ia menyatakan bahwa ujian paket C yang telah dilaksanakan pemerintah bukanlah jalan keluar karena itu hanya akan memberikan stigmasi yang membedakan antara siswa yang pandai dengan siwa yang tidak pandai sehingga hal itu dapat membawa dampak psikologis yang cukup berat bagi para siswa.
Tanggapan Pemerintah itu dibacakan dalam sidang lanjutan gugatan atas pelaksanaan ujian nasional 2006 di PN Jakarta Pusat (11/9). Dalam perkara ini, yang menjadi tergugat adalah Presiden, Wakil Presiden, Menteri Pendidikan Nasional, dan Kepala Badan Standardisasi Pendidikan Nasional (BSPN). Para tergugat adalah lembaga pemerintahan (eksekutif) yang dianggap berperan mengambil keputusan ujian nasional.
Menurut tergugat, langkah penggugat mengajukan citizel lawsuit tidak tepat. Selain belum dikenal dalam perundang-undangan Indonesia, model gugatan semacam itu juga pernah ditolak pengadilan. Yang disebut terakhir adalah perkara gugatan warga negara (133 orang WNI) atas penjualan saham Indosat di PN Jakarta Pusat (Register No. 178/2003).
Kalaupun penggugat mendalilkan gugatannya pada enam putusan pengadilan, hanya satu dari putusan itu yang menyinggung model gugatan citizen lawsuit, yakni putusan atas perkara penanganan TKI di Nunukan, Kalimantan Timur. Dalam perkara ini, PN Jakarta Pusat mengakui adanya citizen lawsuit dengan berpedoman pada konsep rechtsvinding, hakim harus menggali nilai-nilai hukum yang hidup dalam masyarakat.
Ketua majelis hakim Andriani Nurdin mengingatkan bahwa tanggapan Pemerintah belum memasuki pokok perkara. Keberatan Pemerintah atas model gugatan citizen lawsuit varu menyangkut formil gugatan.
Kuasa hukum para tergugat juga mempersalahkan notifikasi yang dilayangkan oleh penggugat yang hanya dilakukan melalui media massa. Kuasa hukum para tergugat menilai bahwa notifikasi harus memenuhi 2 syarat yaitu bahwa notifikasi harus sudah disampaikan dan notifikasi tersebut telah sampai pada alamat yang dituju. Sementara, notifikasi para penggugat hanya membuktikan notifikasi telah disampaikan, namun tidak membuktikan notifikasi tersebut telah sampai ke alamat yang dituju.