Ketua Program Studi Kajian Timur Tengah dan Islam Universitas Indonesia, Yon Machmudi mengutarakan pendapatnya bahwa Islam selalu menjadi sasaran dalam isu terorisme karena sejarah gerakan Negara Islam Indonesia (NII) di masa lalu. Pada masa berikutnya, ada generalisasi yang salah bahwa ajaran Islam sebagai sebabnya.
Pemahaman keagamaan NII yang pernah menentang sistem politik Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) membuat isu terorisme kontemporer di Indonesia selalu mudah dikaitkan dengan Islam. Fakta bahwa para pelaku membawa simbol Islam lalu membuat semua tindakan teror mereka dikaitkan pada upaya melawan eksistensi NKRI.
Yon mengatakan bahwa akar masalah terorisme yang didorong kesesatan pemahaman agama Islam perlu disikapi secara utuh. “Ormas-ormas Islam juga perlu menyikapi dengan benar perannya, memberikan bimbingan, bukan ikut melakukan langkah seperti kepolisian,” katanya.
Maharani Siti Sophia, Staf Ahli Komisi II DPR RI, menerangkan bahwa belum kunjung disahkannya RUU Anti Terorisme karena ada banyak dampak serius dari UU Anti Terorisme yang baru. “Ada hak-hak masyarakat yang sebenarnya dibahas dengan hati-hati, untuk RUU yang satu ini saya kira biar lambat asal selamat,” katanya.