Perpecahan di PKB berawal dari pemecatan sepihak tehadap Matori oleh Dewan Syura PKB dari posisinya selaku ketua Tandfidz Dewan Pengurus PKB. Pemecatan Matori tersebut dilatarbelakangi kehadirannya saat sidang istemewa Majelis Pemusyawaratan Rakya (SI MPR) 2001 yang memecat Gus Dur sebagai Presiden.
Kubu PKB saat itu menilai, SI MPR yang digelar inkonstitusional (malanggar UUD 1945), sehingga melarang wakilnya di MPR dan DPR hadir. Bahkan pada detik-detik terakhir menjabat Presiden, Gus Dur sempat mengeluarkan dekrit Presiden yang isinya antara lain membekukan MPR dan DPR, Partai Golkar, serta segera menyelenggarakan Pemilu.
Karena itu kehadiran Matori pada saat SI MPR dianggap berkhianat terhadap PKB, meski Matori berdalih bahwa kehadirannya di SI MPR dalam kapasitasnya sebagai wakil ketua MPR. Namun, Dewan Syura tetap pada keputusannya memecat Matori dari ketua Tandfidz Dewan Pengurus PKB.
Tidak terima
Atas keputusan Dewan Syura tersebut, Matori tidak terima. Akibatnya, pengurusan PKB terbelah menjadi dua, yaitu DPP PKB Matori atau yang dikenal PKB Batutulis dan PKB Kuningan yang sekarang diketuai Alwi Shihab. Masing-masing DPP PKB tersebut merasa pihaknya yang berhak mewakili rakyat pemilih PKB duduk di MPR/DPR.
Perseteruan makin panas, khususnya setelah KH Cholil Bisri dari PKB Alwi diangkat menjadi wakil ketua MPR dari Fraksi PKB menggantikan Matori yang melepaskan posisinya setelah menjadi Menhakam. Akhirnya, Matori mengajukan gugatan terhadap PKB Alwi Shihab yang dinilainya telah melakukan perbuatan melawan hukum.
Dalam gugatan yang telah didaftarkan di Pengadilan Negeri (PN) Jakarta Selatan, Matori menilai bahwa PKB yang dipimpinnyalah yang sah dan berhak mewakili PKB di MPR/DPR. Selain itu, Matori juga menyatakan tidak sah pemecatan dewan syuro atas dirinya, karena hanya muktamarlah yang berhak memberhentikannya sebagai ketua Tandfidz.
Bahkan Matori menilai, MLB PKB di Yogyakarta yang akhirnya memilih Alwi Shihab sebagai ketua Tandfidz tidak sah. Pasalnya, pelaksanaan MLB PKB Yogyakarta diselenggarakan oleh pengurus PKB yang sudah diberhentikan oleh MLB PKB Jakarta. Di samping hasil MLB Jakarta yang tetap memilihnya (Matori) sebagai ketua Tandfidz DPP PKB.