Dalam Naskah Akademik (NA) Rancangan Undang-Undang (RUU) Perubahan UU 3/2022 dijelaskan pendanaan Pemda Khusus berkaitan dengan karakter hibrida dari daerah otonom yang dalam beberapa hal memiliki kewenangan terkait keuangan sebagaimana halnya entitas pusat/pemerintah. Pendanaan Pemda khusus berkaitan dengan Desentralisasi Fiskal. Desentralisasi pada dasarnya berwajah ganda, yakni adanya transfer kuasa dan kewenangan politik dan administratif dan transfer kewenangan fiskal.
Desentralisasi fiskal tak lain adalah konsekuensi logis dari otonomi daerah dan desentralisasi administratif karena dengan adanya otonomi dalam mengatur berbagai aspek politik dan administratif di daerahnya muncul otonomi untuk mengelola pendapatan dan belanja sendiri. “Ini adalah fitur standar dan universal dari daerah otonom di berbagai negara maju dan semakin menguat di berbagai negara berkembang sejak awal abad,” begitu sebagian petikan kalimat NA RUU IKN.
Dalam pemerintahan daerah pada umumnya, pengelolaan kekayaan daerah yang dipisahkan merupakan hasil yang diperoleh dari pengelolaan kekayaan yang terpisah dari pengelolaan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD). Jika atas pengelolaan tersebut memperoleh laba, laba tersebut dapat dimasukkan sebagai salah satu sumber pendapatan asli daerah.
Tidak jauh berbeda dengan daerah khusus, hanya saja tentu ada kekhususan yang dapat dibuat berbeda untuk konteks pengelolaan kekayaan yang dipisahkan sepanjang tidak menyimpangi prinsip-prinsip yang umum tentang kepemilikan/pengendalian badan usaha oleh pemerintah sebagai kekayaan yang dipisahkan.
Kapasitas untuk mengumpulkan pendapatan sendiri berupa pajak dan pungutan adalah aspek yang paling penting bagi penyelenggaraan pemerintahan daerah pada umumnya, dan pemerintahan daerah khusus pada khususnya, sebagai bentuk dari self-reliance sebagai suatu entitas otonom. Namun demikian, ada kalanya pemerintahan daerah tersebut memiliki kebutuhan yang melebihi pendapatan yang telah diperoleh. Pada saat tersebut transfer, hibah, dan utang memainkan peran penting dalam pembiayaan daerah.
“Dengan demikian, pembiayaan utang dan yang lainnya adalah mekanisme yang tidak terpisahkan dalam pendanaan pemerintah daerah khusus,” begitu kutipan sebagian NA RUU IKN.