UNCTAD juga memberikan pujian atas rekomendasi KPPU terhadap kebijakan Pemerintah yang berpotensi menimbulkan persaingan usaha. Hingga kini KPPU telah menelurkan kurang lebih 60 rekomendasi. Dari 2000-2009, 50 persen rekomendasi KPPU mendapat sambutan positif dari Pemerintah.
Sebut saja, kebijakan Pemerintah yang melindungi perusahaan pengekspor mangga ke Republik Korea. Kebijakan itu ditentang KPPU. KPPU kemudian menelurkan rekomendasi agar Pemerintah menghentikan kebijakan itu pada 2005. Pemerintah manut pada KPPU dan mencabut hak monopoli perusahaan eksportir. Begitupula dengan rekomendasi KPPU terkait distribusi garam.
Kelemahan KPPU
Meskipun memberikan pujian, bukan berarti tidak ada kelemahan. UNCTAD menilai modal KPPU untuk menegakkan hukum persaingan usaha masih memiliki kekurangan sebagai akibat kelemahan pada Undang-Undang No. 5 Tahun 1999 tentang Larangan Praktik Monopoli dan Persaingan Usaha Tidak Sehat.
Di mata UNCTAD, tidak adanya kewenangan untuk menjatuhkan sanksi pidana akan melemahkan KPPU dalam menegakkan hukum persaingan usaha. Padahal UU No. 5/1999 memuat sanksi-sanksi pidaha atas persaingan usaha tidak sehat seperti oligopoli, pembagian wilayah, penguasaan pasar dan posisi dominan. Implikasi lain, putusan KPPU bisa jadi tak bertaji. Saat ini saja, kurang dari 0,3 persen hukum denda dibayarkan secara sukarela. Hukuman denda yang dieksekusi pengadilan juga masih rendah hanya 1,4 persen.
Keanggotaan KPPU yang berasal dari partai politik tak luput dari sorotan. Dari hasil wawancara UNCTAD pada beberapa sumber menyatakan anggota KPPU mempunyai hubungan terlalu dekat dengan partai poiltik. Hal itu dikhawatirkan akan mengganggu independensi KPPU. UNCTAD merekomendasikan agar anggota KPPU tidak terafiliasi dengan partai politik atau setidaknya tidak mempunyai kedudukan dalam partai politik.
Sejumlah definisi yang dikandung UU No. 5/1999 dinilai ada yang terlalu luas dan terlalu sempit. Misalnya, kriteria pangsa pasar yang dilihat dari presentasi nilai jual atau beli barang/jasa tertentu. Hal lain adalah jumlah dan kapasitas barang/jasa menjadi indikasi persaingan dan biasa digunakan di negara lain. Contoh lain, definisi monopoli yang dinilai terlalu luas dibandingkan negara lain.
Batas waktu penanganan akan menyulitkan anggota KPPU dalam melakukan analisis ekonomi dalam menginvestigasi suatu kasus yang kompleks. Waktu yang sempit akan menyulitkan untuk mengumpulkan data dan iformasi yang diperlukan. Dari hasil penilaian itu, UNCTAD merekomendasikan agar KPPU segera melakukan revisi atas UU No. 5/1999, melakukan penguatan kelembagaan dan bekerja sama dengan penegak hukum lain untuk menegakan hukum persaingan.