Selanjutnya, majelis hakim berpendapat berdasarkan sejumlah kajian ilmiah yang bersifat nasional maupun internasional, tidak ada bukti yang mengarah pada kesimpulan bahwa kegiatan pertambangan NMR menimbulkan dampak besar berupa pencemaran dan perusakan lingkungan. Satu-satunya hasil kajian yang menyatakan sebaliknya adalah hasil kajian Pusat Laboratorium Forensik (Puslabfor) Mabes POLRI. Namun, hasil kajian ini dipandang tidak valid karena terjadi inkonsistensi dan kontroversi di dalamnya.
Inkonsistensi yang dimaksud adalah kesimpulan Puslabfor yang pada satu sisi menyatakan ada kandungan logam berat yang tinggi pada air Teluk Buyat, sedangkan pada ikan tidak demikian. Sementara kontroversi terjadi ketika jumlah sampel yang diuji dalam kajian Puslabfor berbeda jauh dengan jumlah sampel yang diajukan dalam persidangan sebagai alat bukti. Hasil kajian Puslabfor Mabes POLRI tidak lagi dapat dipertahankan, dalih majelis hakim.
Terkait syarat meresahkan masyarakat, majelis hakim sependapat dengan keterangan Andi Hamzah dalam persidangan. Pakar hukum pidana ini mengatakan makna meresahkan masyarakat berarti harus didukung dengan fakta-fakta nyata, seperti dalam kasus Chernobyl di Rusia atau kasus lumpur panas Lapindo baru-baru ini. Menurut pandangan majelis hakim, fakta-fakta nyata itu tidak terlihat dalam kasus ini. Malah majelis menilai perhatian besar masyarakat atas kasus ini muncul karena adanya provokasi dari kalangan tertentu.
Berdasarkan fakta persidangan, maka terbukti belum cukup alasan untuk mengenyampingkan asas subsidiaritas, rangkum majelis hakim.
Pada bagian akhir pembacaan putusan, ketua majelis hakim menjelaskan adanya pergantian sejumlah anggota majelis hakim yakni Lenny Watti, Maxi Sigarlaki, dan Ferdinandus. Ridwan beralasan pergantian ini terjadi akibat proses mutasi yang rutin dilakukan di kalangan hakim. Dia menjamin pergantian majelis tidak mengganggu proses pengambilan keputusan karena mereka yang diganti tetap dilibatkan dalam musyawarah. Jadi, kalau ada perbedaan susunan majelis ketika musyawarah dan pembacaan putusan harap maklum karena perjalanan kasus ini cukup panjang, tambahnya.
Reaksi LSM
Putusan ini langsung memancing protes dari kalangan LSM dan sejumlah warga Buyat yang merasa menjadi korban pencemaran yang dilakukan PT NMR. Dalam orasinya, mereka mengecam putusan pengadilan yang dinilai tidak sesuai dengan rasa keadilan masyarakat, khususnya masyarakat Buyat.
Sementara itu, dari Jakarta tiga LSM Lingkungan WALHI, ICEL, dan JATAM mengecam putusan majelis hakim. Mereka mempertanyakan sejumlah kejanggalan dalam putusan tersebut. Beberapa fakta dasar yang seharusnya digunakan oleh hakim dalam pembuatan keputusannya,seperti terdapatnya kandungan logam berat dalam tailing dan air laut yang melebihi baku mutu lingkungan yang tertuang dalam dokumen RKL dan RPL, diabaikan oleh majelis hakim.