Masalahnya, dalam proses penyidikan itu, jaksa terlanjur menyita 247 unit alat dan mesin pertanian (alsintan). Tak hanya itu, tanah dan bangunan serta tiga unit mobil ikut disita. Rekening tersangka di bank juga diblokir. Setelah putusan bebas terbit, jaksa tak kunjung menyerahkan alsintan kepada Boentoro. Pengusaha asal Jakarta ini merasa dirugikan materiil dan moril sekitar Rp239 miliar, dan karena itu ia menggugat.
Pengadilan Negeri Painan, Februari 2009, mengabulkan sebagian gugatan Boentoro. Kejaksaan diharuskan membayar ganti rugi hingga Rp12,5 miliar. Tetapi Pengadilan Tinggi Sumatera Barat mengoreksi angka ganti rugi itu menjadi Rp7,39 miliar.
Kepala Pusat Penerangan Hukum, Setia Untung Arimuladi mengatakan setelah mengecek ulangputusan MA, ia langsung menghubungi Kejaksaan Negeri Painan, Kabupaten Pesisir Selatan, Sumatera Barat. Sayangnya, pihak Kasie Penkum maupun Kajari Painan tak juga merespon.
Makanya, Untung belum mendapat informasi apakah sudah menjalankan amar putusan MA perihal membayar ganti dan mengembalikan barang bukti atau sebaliknya, termasuk upaya hukum Peninjauan Kembali. “Saya belum dapat komentar, karena belum dapat informasi dari Kajari bersangkutan,” ujarnya kepada hukumonline, Jumat (27/9).
Menurutnya, dalam melakukan penyitaan barang bukti jaksa tidak bisa sembarang. Jaksa harus merujuk pada standar operasional prosedur yang suduah ditetapkan. “Kita ada standar operasional prosedur dalam melakukan penyitaan,” pungkasnya.