Karenanya, Harifin mengusulkan agar pembentuk undang-undang memperhatikan persoalan ini. “”Harus ada regulasi untuk pembaharuan pengadilan pajak itu sendiri,” tuturnya.
Berdasarkan catatan hukumonline, polemik seputar keberadaan pengadilan pajak memang sudah berlangsung sejak lama. Pasal 5 ayat (2) UU No. 4 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak, memang mengatur bahwa pembinaan organisasi, administrasi dan keuangan Pengadilan Pajak berada di bawah Depkeu. Tapi masalah pembinaan teknis sebagaimana disebutkan dalam Pasal 5 ayat (1) berada di bawah MA.
Hal ini berimbas pada perlakuan terhadap pengadilan pajak dibanding pengadilan yang lain. Posisi Pengadilan Pajak yang berada di bawah Depkeu dianggap sebagai wilayah ‘basah’. Pakar Hukum Perbankan Prof Sutan Remy Syahdeini juga pernah mengkritik praktek ini. Ia mengatakan tunjangan dan ketentuan bagi Ketua, Wakil Ketua, Hakim, Sekretaris, Wakil Sekretaris, dan Sekretaris Pengganti Pengadilan Pajak tidak sama dengan pengadilan-pengadilan lain. “Sungguh rancu dan membingungkan posisi Pengadilan Pajak dalam sistem peradilan Indonesia,” sebutnya, beberapa waktu lalu.
Persoalan lain yang timbul di Pengadilan Pajak adalah pendampingan tidak hanya bisa dilakukan oleh advokat. Dalam praktek, yang jadi kuasa para pihak yang bersengketa adalah akuntan dari Kantor Akuntan Publik (KAP). Padahal, persoalan yang timbul di Pengadilan Pajak murni persoalan hukum. Kenyataan ini tentu membuat sebagian advokat meradang karena UU Advokat tidak berlaku di Pengadilan Pajak.