Dengan didirikannya lembaga ini melalui UU No. 22 Tahun 2001 tentang Migas serta PP No. 42 Tahun 2002 tentang BP Migas, masalah pengawasan dan pembinaan kegiatan Kontrak Kerja Sama yang sebelumnya dikerjakan oleh Pertamina, selanjutnya ditangani langsung oleh BP Migas sebagai wakil pemerintah.
Namun, pada Selasa (13/11), MK membatalkan Pasal 1 angka 23, Pasal 4 ayat (3), Pasal 41 ayat (2), Pasal 44, Pasal 45, Pasal 48 (1), Pasal 59 huruf a, Pasal 61, dan Pasal 63 dalam UU Migas. Mahkamah juga membatalkan frasa “dengan Badan Pelaksana” dalam Pasal 11 ayat (1), frasa “melalui Badan Pelaksana” dalam Pasal 20 ayat (3), frasa “berdasarkan pertimbangan dari Badan Pelaksana dan” dalam Pasal 21 ayat (1), frasa “Badan Pelaksana dan” dalam Pasal 49 UU Migas. Pasal-pasal serta frasa yang dibatalkan MK tersebut berkaitan dengan kewenangan, tugas dan fungsi pengelolaan migas yang dijalankan BP Migas dari hulu hingga hilir.
Hakim MK Akil Mochtar mengatakan, dengan adanya putusan MK tersebut, otomatis BP Migas tidak bisa beroperasional lagi. Sambil menunggu peraturan baru di bidang pengelolaan migas, pemerintah diminta mengambil alih peran dan fungsi BP Migas. “Keberadaan BP Migas inkonstitusional,” ujarnya.
Wakil Ketua Komisi VII DPR Effendi Simbolon mengatakan, ‘pembubaran’ BP Migas sangat berbahaya karena berpotensi menciptakan kembali monopoli dalam pengelolaan migas di Indonesia. Hal ini seperti terjadi di masa sebelum reformasi. “Peleburan kembali sektor hulu dan hilir menjadi berbahaya yang kemudian kembali satu bodi,” katanya.
Effendi menilai sudah benar adannya pemisahan antara pengelolaan di hulu dengan hilir. Menurutnya, selama ini ada keinginan kuat dari pihak-pihak tertentu agar tidak ada pemisahan atau pengelolaan minyak dan gas kembali di monopoli oleh Pertamina.
Terpisah, Menko Perekonomian Hatta Rajasa mengatakan, pemerintah menghormati dan akan mengikuti putusan MK tersebut. Menurutnya, Kementerian ESDM akan melaksanakan semua fungsi eksplorasi dan produksi yang selama ini dijalankan BP Migas.
Di samping itu, Hatta mengatakan pihaknya akan secepatnya mengeluarkan produk hukum baru agar kegiatan migas tetap berjalan di bawah kewenangan Kementerian ESDM. Hal itu agar tidak ada kevakuman hukum dan semua berjalan seperti biasanya. "Kami akan rapat lagi bersama Menteri ESDM, Menkeu dan Menkum dan HAM untuk membahas produk hukumnya seperti apa," ujarnya.