Untuk kasus korupsi BPUI, Prajogo adalah pengusaha kedua yang menjadi tersangka. Sebelumnya, Arifin Panigoro, bos Medco, telah ditetapkan menjadi tersangka. Penetapan ini setelah sebelumnya, Kejagung menetapkan Ali Wardhana selaku komisaris BPUI dan Sudjono Timan selaku direktur utama BPUI sebagai tersangka.
Pengusaha Pilipina
Berdasarkan hasil penyidikan Kejagung melalui Jaksa Agung Muda Tindak Pidana Khusus (JAM Pidsus/Pidsus), ada empat pengusaha yang telah menerima penyaluran dana BPUI yang dilakukan secara melawan hukum. Pasalnya, tanpa memenuhi prosedur yang berlaku.
Keempat pengusaha yang telah menerima penyaluran dana BPUI adalah Prajogo Pangestu, Agus Anwar, Arifin Panigoro, dan Roberto V. Ongpin. Ongpin adalah pengusaha yang berkewarganegaraan Philipina. Padahal dana BPUI hanyalah diperuntukan bagi program untuk membatu pengusaha kecil Indonesia melalui skim modal ventura.
Penyaluran dana BPUI kepada empat pengusaha yang dilakukan secara melawan hukum dikucurkan oleh tersangka Sudjono Timan. Direktur Utama BPUI ini melakukan aksinya bersama-sama dengan anggota direksi BPUI lainnya, yakni Hario Suprobo, Hadi Rusli, dan Witjaksono Abadiman.
Menurut hasil penyidikan Pidsus Kejagung, penyalahgunaan dana BPUI dilakukan melalui direksi BPUI kepada empat pengusaha tersebut. Kepada Pradjogo dan Agus Anwar sebesar A$67 juta melalui perusahaannya Festival Company Inc pada September 1996 sebesar A$37 juta, dan Asia Finance Ltd pada Agustus 1996 sebesar A$30 juta.
Belum lagi antara tahun 1995 sampai 1997 BPUI mengucurkan dana kepada Asia Finance Ltd milik Agus Anwar sebesar AS$50 juta. Sementara kepada Arifin Panigoro melalui perusahaan paper company bernama Satellite Overseas Limited sebesar AS$75 juta untuk membeli 2.500 juta lembar saham Dragon Oil di London Stock Exchange.