Soal lain yang masih mengganjal adala, revisi UU Peradilan Militer yang belum selesai dibahas di DPR. Sehingga belum diketahui apa yang nanti akan menjadi kompetensi peradilan militer. Namun Bagir menegaskan, pengalihan peradilan militer tidak akan menunggu terbentuknya UU Peradilan militer. "(Peralihan ) akan dilakukan dalam waktu yang sangat cepat," ucapnya.
Keganjilan
Berdasarkan data dari Direktorat Pembinaan Peradilan Agama, Departemen Agama, saat ini terdapat 324 Pengadilan Agama di tingkat kabupaten dan kota, dan 19 Mahkamah Syar'iyah di kabupaten /kota di NAD. Untuk tingkat banding, terdapat 24 Pengadilan Tinggi Agama di provinsi, dan satu Mahkamah Syar'iyah Provinsi di NAD.
Perkara yang masuk ke lingkungan peradilan agama untuk tingkat pertama, rata-rata mencapai 160.00 perkara setiap tahunnya.
Tabel jumlah perkara dipengadilan agama pada 2003
No | Tingkat | Sisa Tahun 2002 | Perkara Masuk 2003 | Perkara dicabut 2003 | Perkara diputus 2003 | Sisa Tahun 2003 |
1 | Tk pertama | 26.796 | 154.524 | 8278 | 145.593 | 27.449 |
2 | Tk Banding | 222 | 1456 | 13 | 1449 | 216 |
3 | Kasasi | 1336 | 700 | - | 394 | 1642 |
Lebih jauh Bagir Manan juga mengungkapkan bahwa ia sangat prihatin melihat kondisi pengadilan agama di daerah-daerah yang dikunjunginya. Dari pengamatannya, tidak satupun gedung pengadilan agama yang dikunjunginya di daerah yang memenuhi syarat sebagai gedung pengadilan. "Di seluruh Indonesia tidak lebih dari 10 pengadilan yang penampilannya memadai,"
Dari segi anggaran, menurutnya, ada sebuah pengadilan agama yang hanya mendapat anggaran sebesar Rp51 juta per tahun. "Ini kurang separuh gaji Dirut Pertamina setiap bulan," cetusnya.
Hal lain yang ditemukan Bagir adalah, hakim pengadilan agama yang jarang berpindah tempat tugas. Bahkan, ada hakim yang pernah bertugas selama 14 sampai 15 tahun di suatu daerah dan tidak pernah berpindah. Penyebabnya, jika hakim pengadilan agama ingin pindah tugas, mereka harus membayar ongkos sendiri.
Hal itu dinilai Bagir sebagai keganjilan administrasi negara yang luar biasa. Pasalnya, di lingkungan peradilan lain, perpindahan hakim selalu ditanggung oleh negara. Apalagi dari segi pekerjaan, jumlah perkara di pengadilan agama jumlahnya tidak kalah dari pengadilan umum.
Rata-rata jumlah perkara di pengadilan agama di sepanjang jalur pantura, misalnya, sebanyak 40 sampai 100 perkara setiap bulan. Padahal, jumlah perkara perdata di PN Pekalongan, hanya sebanyak 20 perkara selama satu tahun, sedang di PN Kudus, kurang dari 10 perkara setiap tahun. "Di masa depan hal ini tidak boleh ada perbedaan lagi," janji Bagir.