Misalnya dalam penentuan locus delicti di wilayah hukum Jakarta Selatan. Dimana penuntut umum menggunakan Kantor BIN di kawasan Pasar Minggu, Jakarta Selatan. Lutfie menganggap PN Jakarta Selatan tidak berwenang mengadili perkara ini. Penuntut umum, menurutnya, telah mengabaikan teori akibat dan asas kediaman. Pasalnya, eksekusi pembunuhan tersebut terjadi di Room Gate 42 Coffee Bean Bandara Changi Singapura atau setidak-tidaknya dalam Pesawat Udara GA-974 Boeing 747-400. Lagipula, kata dia, sebagian besar saksi tidak bertempat tinggal di wilayah Jakarta Selatan.
Kemudian, Lutfie juga menyinggung keberadaan saksi kunci Budi Santoso -agen Madya BIN- yang masih misterius. Ia mengkhawatirkan ketidakhadiran Budi dalam acara pembuktian di persidangan. Selain masalah-masalah tersebut, penjabaran motivasi Muchdi dalam pembunuhan berencana aktivis HAM Munir juga dipersoalkan Lutfie.
Penyebutan pangkat Muchdi saat terjadinya penculikan 13 aktivis oleh oknum Kopassus yang diduga sebagai asal muasal atau penyebab dicopotnya Muchdi sebagai Danjen Kopassus akhirnya dikait-kaitkan sebagai motivasi Muchdi melakukan pembunuhan. Padahal, pencopotan itu hanya karena pergantian tampik pemerintahan dari Presiden Soeharto ke Baharuddin Jusuf Habibie.
Berdasarkan uraian nota keberatan Muchdi ini, penuntut umum menyimpulkan eksepsi telah memasuki ranah pokok perkara apabila mengacu Pasal 156 ayat (1) Kitab Undang-undang Hukum Acara Pidana (KUHAP). Seharusnya, jika merunut M. Yahya Harahap dalam bukunya Pembahasan Permasalahan dan Penerapan KUHAP Jilid II, eksepsi merupakan upaya yang diberikan kepada terdakwa dalam hal-hal yang berhubungan dalam masalah formil. Artinya, belum memasuki wilayah materil, sehingga diajukan sebelum pokok perkara diperiksa. Namun, untuk menghormati upaya Tim pengacara Muchdi, penuntut umum tetap mengajukan tanggapannya.
Intervensi asing dan domestik yang dikatakan mendasari proses hukum terhadap Muchdi, menurut Tim penuntut umum yang diawaki Cirus Sinaga ini tidak ditemukan dalam segala tahap proses peradilan pidana Muchdi. Selama ini alat dan barang bukti yang digunakan penyidik masih relevan. Tim menegaskan, penyelesaian perkara ini demi tegaknya peradilan yang jujur, kredibel, independen, profesional, dan proporsional.
Lalu, untuk locus delicti. Kantor BIN yang berada di wilayah Pasar Minggu, Jakarta Selatan dinilai penuntut umum sudah tepat. Lagipula, jika mempertimbangkan Pasal 84 ayat (2) KUHAP, penentuan PN Jakarta Selatan sebagai tempat berwenang untuk mengadili Muchdi, semakin tepat. Pasalnya, terdakwa ditambah tujuh saksi berdomisili dan lima saksi secara demografis maupun kelancaran transportasi lebih dekat ke PN Jakarta Selatan. Penuntut umum menegaskan, ketentuan Pasal 84 ayat (2) KUHAP ini tidak menyaratkan domisili para saksi, tetapi tempat kediaman saksi yang lebih dekat ke wilayah hukum pengadilan tersebut.
Eksepsi yang Terabaikan
Dari beberapa eksepsi yang dikemukakan terdakwa, ada satu poin keberatan yang tidak ditanggapi penuntut umum. Poin itu tak lain menyangkut motivasi Muchdi dalam pembunuhan berencana terhadap Munir yang dieksekusi Pollycarpus -agen non organik BIN yang direkrut Muchdi.