Majelis Ulama Indonesia juga tidak turut terbebas dari insiden ini. Teguh menuding bahwa MUI juga memiliki peran dengan kejadian tragis tersebut. MUI di tingkat pusat ikut bertanggung jawab terhadap keputusan MUI tingkat Provinsi. Sehingga, MUI tingkat pusat seharusnya mencabut fatwa MUI Jawa Timur. Sedangkan ditariknya Presiden RI ke gugatan ini karena Presiden RI juga tidak mencabut Peraturan Gubernur Jawa Timur. Padahal, Presiden RI memiliki kewajiban untuk melaksanakan amanat konstitusi, yaitu melindungi segenap bangsa dan seluruh tumpah darah Indonesia.
“Meminta kepada Pengadilan Negeri untuk memerintahkan Presiden RI membubarkan/membekukan organisasi kemasyaratan MUI,” tulis Teguh dalam berkas gugatannya, Selasa (04/6).
Menanggapi hal ini, Kuasa Hukum MUI Jawa Timur Syamsul Huda Yudha mengatakan MUI Jawa Timur telah mengeluarkan fatwa tersebut sesuai dengan prosedurnya. Organisasi tidak akan mengeluarkan sebuah fatwa apabila tidak ada yang insiden yang mencetusnya. Yudha menegaskan yang melatarbelakangi terbitnya fatwa tersebut adalah MUI ingin memberikan sikap atau kepastian agar umat Islam bisa selamat.
“Fatwanya dapat dipertanggungjawabkan. Latar belakang keluarnya fatwa adalah MUI memberikan sikap agar umat Islam bisa selamat,” tutur Yudha kepada hukumonline, Selasa (04/6).
Begitu juga halnya dengan Kuasa Hukum Gubernur Jawa Timur, Mahfud. Dengan singkat, Mahfud mengatakan bahwa peraturan tersebut diterbitkan bukan untuk aliran tertentu, tetapi berlaku umum.“Peraturan itu berlaku untuk umum, tidak untuk satu aliran saja,” ucap Mahfud pada kesempatan yang sama.