Manajemen risiko merupakan tahapan penting lain yang tertuang juga dalam Protokol Kartagena. Setiap negara yang meratifikasinya perlu mengembangkan peraturan, mekanisme, tindakan, dan strategi untuk mengelola dan mengendalikan risiko yang teridentifikasi. Tindakan manajemen risiko perlu dilakukan untuk mencegah pengaruh negatif organisme transgenik terhadap konservasi dan keberlanjutan penggunaan keanekaragaman hayati serta kesehatan manusia. Selain itu perlu dikembangkan juga tindakan untuk mencegah pergerakan lintas batas organisme transgenik.
Berbeda dengan teknologi terkini lainnya, nuansa biopolitik terasa kental dalam wacana tentang tanaman transgenik (Seri tulisan Santosa, Kompas 23/8/2002 hal 37, 23/6/2003 hal 23, 13/8/2003 hal 23, dan 4/8/2004 hal 31). Baik pihak yang pro maupun kontra, semuanya membangun komunitas dan argumentasinya masing-masing untuk mempengaruhi kebijakan publik baik pada tingkat lokal, nasional dan internasional. Kondisi seperti ini sama sekali tidak menguntungkan baik bagi perkembangan ilmu dan teknologi transgenik maupun kajian terhadap kemungkinan risiko negatif dari keberadaan tanaman transgenik.
Komersialisasi tanaman transgenik tidak bisa terlepas dari kekuatan market pull baik secara alamiah maupun sengaja diciptakan dan science push yaitu dorongan yang sangat kuat dari peneliti dan produsen tanaman transgenik untuk memanfaatkan hasil-hasil riset yang mereka lakukan. Dalam upaya meraih pasar, produsen transgenik sangat jeli memanfaatkan komunitas ilmiah baik para pakar, asosiasi profesi, perguruan tinggi dan lembaga penelitian sebagai garda terdepan advokasi dan komersialisasi produk transgenik MNC (multinational corporation). MNC sangat menyadari hal ini karena dalam berbagai kajian biopolitik ilmuwan menempati urutan tertinggi sebagai pihak yang paling dipercaya publik, sedangkan perusahaan menempati urutan terendah.
Proses pembentukan opini di kalangan ilmuwan oleh MNC boleh dikatakan berhasil dengan keluarnya berbagai pernyataan dukungan terhadap tanaman transgenik oleh ilmuwan, himpunan profesi bahkan lembaga keagamaan pada periode uji maupun komersialisasi kapas transgenik antara 1999 hingga 2002.
Disisi lain elemen-elemen kunci dalam biopolitik yang meliputi beberapa kekuatan politik yang terorganisasi, kelompok penekan dan media massa telah berhasil pula membentuk opini negatif tentang transgenik di kalangan sebagian masyarakat. Pembentukan opini negatif penting sebagai penyeimbang dalam kerangka pendekatan kehati-hatian. Tetapi, dominasi opini negatif akan menutup kemungkinan peran teknologi tersebut sebagai salah satu cara untuk mengatasi sebagian persoalan di bidang pertanian dan pemenuhan kebutuhan akan pangan.
Terakhir, satu hal yang seharusnya menjadi kepedulian bersama adalah penguasaan lebih dari 99 persen teknologi maupun pasar tanaman transgenik oleh hanya tujuh MNC, dengan Monsanto sebagai MNC terbesar yang menguasai 90 persen benih tanaman transgenik. Bila analisis penulis benar (Santosa, Kompas 23/8/2002), maka tidak lama lagi (tahun 2007) tanaman transgenik akan menguasai 62 persen dari seluruh luasan empat tanaman penting (kedelai, jagung, kanola dan kapas). Dengan penyebaran tanaman transgenik yang sudah lebih 50 persen untuk keempat tanaman tersebut, maka tindakan kehati-hatian menjadi sedemikian penting.
Dari sisi sosio-ekonomi, hal tersebut juga berarti pengalihan penguasaan benih dari ratusan juta petani dan lembaga publik ke hanya tujuh MNC. Semoga saja ke depan kebijakan-kebijakan lokal, nasional maupun internasional terkait dengan organisme transgenik lebih mengedepankan kepentingan publik, kemandirian petani dan negara berkembang.
Disampaikan pada Diskusi Media "Kasus Suap Transgenik dan Penyelesaiannya". 21 Februari 2005