Nah, tujuh bulan setelah berlakunya UU Ombudsman, Pemerintah juga berusaha memperkuat struktur organisasi Ombudsman RI, yakni dengan membentuk Sekretariat Jenderal. Kedudukan, tugas, fungsi dan organisasi Setjen Ombudsman itu dituangkan dalam Peraturan Presiden No. 20 Tahun 2009. Perpres ini merupakan amanat langsung dari pasal 13 ayat (4) Undang-Undang No. 37 Tahun 2008 tentang Ombudsman Republik Indonesia.
Seorang sumber hukumonline di Ombudsman mengatakan selama ini kiprah Komisi Ombudsman Nasional tersandera lantaran tak ada pejabat yang secara khusus menangani kesekretariatan. Urusan-urusan administrasi tetap ditangani komisioner.
Sekretaris Jenderal bertugas menyelenggarakan dukungan administratif kepada Ombudsman. Selain pelayanan dalam menyusun rencana dan program, Setjen juga bertugas melayani administrasi kerjasama Ombudsman dengan lembaga lain. Kehadiran Setjen berpotensi memperkuat organisasi Ombudsman, apalagi Setjen adalah pejabat pemerintah dengan jabatan struktural eselon I-a. Setjen Ombudsman Nasional diangkat dan diberhentikan Presiden atas usul Ketua Ombudsman.
Kelak akan ada tiga kepala biro, yang masing-masing membawahi bagian dan subbagian. Perpres No. 20 Tahun 2009 juga memungkinan pengangkatan pejabat fungsional di lingkungan Setjen. Setjen bertugas mengawasi satuan-satuan kerja di bawahnya.
Peran Ombudsman memang semakin mendapat tempat. RUU Pelayanan Publik yang baru disetujui DPR beberapa hari lalu menyinggung satu bagian khusus tentang Ombudsman. Pasal 46 menguraikan penyelesaian pengaduan atas pelayanan publik melalui Ombudsman. Di sini, Ombudsman menjalankan fungsi mediasi dan konsiliasi.