Menurut Jimly, pengaruh pasal agama dalam konstitusi membuat para hakim juga harus mempertimbangkan nilai-nilai agama dalam putusannya. “Karena itu kalau misalnya ada putusan yang mengutip istilah-istilah agama, why not? Yang penting keadilan buat semua,” ujarnya.
Jimly mengungkapkan pengalaman saat meminta para Hakim Konstitusi di masa kepemimpinannya menggunakan sebanyak mungkin kearifan lokal termasuk ajaran-ajaran agama dalam pembuatan putusan.
Secara konsep, Jimly menguraikan bahwa konstitusi Indonesia adalah yang paling bernuansa ketuhanan dibandingkan konstitusi negara mana pun di dunia. Hal ini menunjukkan hubungan yang erat antara negara dengan agama. Bahkan model hubungan ini yang paling erat di antara seluruh negara yang memakai konsep bukan negara agama.
“Konstitusi kita itu sangat Godly, bahkan ada istilah agama, berketuhanan, iman takwa. Konstitusi yang paling banyak menyebut nama Tuhan dan agama,” kata Jimly.
Konsekuensinya, dalam berbagai produk hukum Indonesia memang tidak bisa netral apalagi bertentangan dengan nilai-nilai agama. Berbagai peraturan perundang-undangan hingga putusan pengadilan diwarnai oleh nilai-nilai yang diambil dari agama. Akan tetapi, bukan berarti ajaran agama tertentu langsung digunakan dalam mengelola negara ataupun negara akan mengambil alih peran untuk mengatur kehidupan beragama di masyarakat.
Yudi Latif, mantan Kepala BPIP, menjelaskan makna Pasal 29 UUD 1945 bahwa Indonesia sebagai negara tidak mewakili salah satu elemen agama mana pun. Negara justru mengambil posisi melindungi semua agama yang ada.
“Negara aktif memfasilitasi komunitas-komunitas agama, tetapi beda dengan negara agama, tidak mewakili salah satu,” kata Yudi kepada hukumonline usai menjadi salah satu pembedah buku karya Ridwan Lubis.