Karena itu, MK sependapat dengan putusan uji materi MA No. 49 P/HUM/2011 tertanggal 9 Februari 2011 yang dimohonkan Gubernur Kepulauan Riau, Muhammad Sani. MA membatalkan Permendagri No. 44 Tahun 2011 tentang Wilayah Administrasi Pulau Berhala.
“Adanya putusan MA itu, dalam kerangka negara hukum dan demi menjaga kepastian hukum tanpa bermaksud menilai putusan MA, putusan MA itu menjadi sinkron dengan pendapat MK di atas,” kata Akil.
Menurut Mahkamah putusan MA No. 49/P/HUM/2011 tertanggal 9 Februari 2012 yang telah menbatalkan batas wilayah adalah produk hukum yang sah dan harus dihargai/dihormati.
Karena itu, pembagian wilayah oleh pembentuk undang-undang tidak bertentangan dengan Pasal 18 ayat (1), (2) dan Pasal 18A UUD 1945. Adanya pendapat ahli yang menyatakan penyelesaian sengketa wilayah ini harus menggunakan argumentasi sengketa wilayah antar negara merupakan pendapat yang tidak tepat. Pertimbangan itu sama seperti putusan No. 32/PUU-X/2012 meski pengujian undang-undangnya berbeda.
“Adanya beberapa undang-undang yang mengatur status Pulau Berhala yang menimbulkan pemahaman yang berbeda, sehingga menimbulkan ketidakpastian hukum, Mahkamah perlu memastikan status Pulau Berhala masuk wilayah administratif Kabupaten Lingga, Kepulauan Riau,” tegasnya.
Kuasa hukum pemohon, Edward Arfa menyambut baik putusan MK yang membatalkan Penjelasan Pasal 3 UU Pembentukan Kepulauan Riau. Menurut Edward, Pasal 3 adalah “penyakit” yang telah menetapkan Pulau Berhala masuk wilayah Tanjung Jabung Timur, Jambi.
“Kita (Pemkab Lingga) bersyukur kepada Allah, perkara pengujian yang diajukan Pemprov Jambi ditolak, sementara permohonan kita dikabulkan karena MK telah mempertimbangkan seadil-adilnya. Berarti kami dimenangkan karena MK telah menetapkan Pulau Berhala masuk Kabupaten Lingga, Kepri,” kata Edward.