Namun, dalam kenyataannya "tindakan hukum" terhadap sebagian besar orang-orang yang dianggap terlibat PKI, baik yang termasuk Gol. A, Gol. B, ataupun Gol. C, sama sekali menginjak-injak hukum yang berlaku. penangkapan yang tidak mengindahkan hukum dan perikemanusiaan merupakan hal yang lumrah dilakukan ketika itu.
Mengenai hal ini, Gultom menulis bahwa terjadi pembunuhan massal terhadap para pemimpin, pendukung, dan simpatisan PKI, atau bahkan yang hanya memiliki hubungan famili dengan orang-orang komunis.
Gultom memaparkan pula bahwa pada masa itu ratusan ribu bahkan jutaan orang dibunuh tanpa pernah dijelaskan apa kesalahannya. Propaganda melalui media massa tentang kesadisan aksi G.30.S membuat banyak orang memaklumi eksekusi tanpa proses pengadilan tersebut-atau malah ikut-ikutan secara sadis dan membunuhi mereka yang dituding komunis.
PKI dalangnya
Sementara itu, Sejarawan dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Asvi Warman Adam berpendapat bahwa pada intinya dihidupkannya kembali Mahmilub semata-mata untuk mengungkapkan PKI sebagai dalang. Karena itu semua pemeriksaan diarahkan pada PKI sebagai dalang.
"Yang anehnya, hasil pemeriksaan yang menyebutkan lain itu tidak dipakai. Jadi, ada kesaksian seorang mayor dari Jawa timur yang menyatakan dalangnya itu adalah Untung dan Latief, tapi itu tidak dipakai. Justru hasil pemeriksan yang menyatakan PKI itu yang justru kemudian dijadikan bahan sejarah," jelas Asvi.
Asvi menambahkan bahwa semua pemeriksaan di Mahmilub diarahkan pada PKI sebagai dalang, tujuannya agar PKI bisa dihancurkan. "Soeharto itu bertindak sebagai perwira penyerah perkara. Nah, ketika ia menyerahkan perkara itu, ia sudah menyatakan dalam pidato penyerahan itu PKI ini bersalah. Jadi, apa artinya Mahmilub karena sebelum diserahkan perkaranya, dalam pengantarnya, Soeharto sudah menyatakan PKI ini bersalah," katanya.
Oleh karena tujuan utama dari Mahmilub semata-mata adalah untuk menghancurkan PKI, maka itulah sebabnya mengapa hampir semua terdakwanya diganjar vonis hukuman mati. " Jadi jelas targetnya, melenyapkan mereka," tandas Asvi.