Berdasarkan penulusuran hukumonline, pada saat menjabat sebagai presiden, Megawati menandatangani pembentukkan beberapa komisi negara. Komisi Perlindungan Anak Indonesia misalnya yang dibentuk berdasarkan Keppres No 77 Tahun 2003. Komisi lain yang dibentuk pada era pemerintahan Megawati adalah Komisi Pemberantasan Korupsi.
Namun begitu, dalam program perlindungan dan penegakan HAM, Megawati bertekad memperkuat secara menyeluruh dan substansial kelembagaan Komnas HAM, Komnas Perempuan dan Komnas Anak. Tak jelas apakah Megawati juga akan memperkuat kelembagaan Komnas HAM dengan meningkatkan anggarannya atau tidak.
Penegakan HAM
Ketua Umum Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan ini menegaskan komitmennya untuk terus menegakkan HAM. Pak Todung tak perlu menanyakan hal itu lagi. Saya masih memperjuangkan hal itu sampai sekarang. Namun begitu, Mega mengaku tak bisa sendirian menegakkan HAM. Peran utama untuk menegakkan hukum dan HAM ada di ranah yudikatif.
Mega lantas mencontohkan kasus penyerbuan kantor DPP PDI pada 27 Juli 1996. Ia mengelak jika dikatakan tak berkomitmen untuk menuntaskan kasus yang melejitkan nama Mega sebagai simbol korban penindasan orde baru itu. Pada saat menjadi presiden, saya tak mau intervensi karena kita memiliki kehidupan ketatanegaraan yang memisahkan antara penegakan HAM dengan intervensi politik.
Penelusuran hukumonline menunjukkan banyak kader dan simpatisan PDIP yang keluar atau bahkan mendirikan partai baru karena kecewa dengan sikap Mega yang terkesan tak serius menuntaskan kasus 27 Juli. Kekecewaan memuncak ketika Mega mendukung Sutiyoso menjadi Gubernur DKI Jakarta. Padahal Sutiyoso adalah Pangdam DKI pada saat terjadinya kasus 27 Juli itu.
Masih dengan isu penegakan HAM, Todung menanyakan pandangan dan komitmen Megawati tentang isu pelanggaran HAM khususnya hak ekonomi, sosial dan budaya pada kasus lumpur Lapindo.
Penanganan awalnya tidak tepat dan tegas. Kalau tepat dan tegas, tak akan ada pelanggaran HAM. Tapi menurut saya, lebih tepat kalau bencana lumpur lapindo itu dinyatakan sebagai bencana nasional. Karena kenyataannya setelah tiga tahun sudah menjadi danau besar yang kita tak tahu apakah bisa dihentikan atau berhenti sendiri, jawab Mega.