Bahwa dengan diterbitkannya UU No. 30/2002 yang antara lain mengatur tentang berakhirnya keberadaan KPKPN selaku lembaga negara yang mandiri dan pengalihan fungsi-fungsinya ke dalam KPK, pembuat undang-undang telah menjalankan wewenangnya sesuai UUD dan perundang-undangan lain yang diturunkan dari UUD, demikian antara lain bunyi pertimbangan MK.
Namun, keputusan MK itu tidak dihasilkan dengan suara bulat. Dua dari sembilan hakim konstitusi menyampaikan pendapat berbeda (dissenting opinion), yaitu Maruarar Siahaan dan Soedarsono. Maruarar berpendapat bahwa sebelum membubarkan KPKPN mestinya terlebih dahulu dilakukan evaluasi kinerja. Faktanya, KPKPN sudah melakukan tugas memeriksa kekayaan puluhan ribu penyelenggara Negara dan sudah dipercaya masyarakat.
Sementara, Soedarsono berpendapat bahwa pasal-pasal yang dimintakan judicial review oleh KPKPN memang bertentangan dengan UUD'45 dan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat. Pembubaran KPKPN karena ada KPK melanggar prinsip demokrasi dan merupakan suatu kemunduran langkah pemberantasan korupsi. Seharusnya, kata Soedarsono, kedua lembaga itu tetap eksis.
Pendapat senada disampaikan oleh Ketua KPKPN Yusuf Sjakir. Menurutnya, KPKPN adalah lembaga yang lahir terlebih dahulu. Tiga bulan kemudian baru lahir Undang-Undang yang menyatakan perlu dibentuk KPK. Mestinya kedua lembaga saling melengkapi. Itu sebabnya, Yusuf Sjakir menyatakan kekecewaan yang mendalami atas keputusan MK. Saya kecewa sekali atas putusan ini, ujarnya kepada wartawan usai sidang.
Legal standing
Sebenarnya, ada dua pemohon judicial review terhadap Pasal 13 huruf a, Pasal 26 ayat (3) huruf a, Pasal 69 ayat (1) dan ayat (2), dan Pasal 71 ayat (2) UU No. 30/2002, yaitu KPKPN sebagai lembaga dan 32 orang warga masyarakat yang sekaligus anggota KPKPN.
Mahkamah Konstitusi berpendapat, sebagai lembaga publik KPKPN tidak mempunyai legal standing. Satu-satunya pemohon yang mempunyai kedudukan hukum (legal standing) adalah ke-32 pemohon lain. Namun demikian, MK berpendapat bahwa pembentukan dan materi UU No. 30/2002 yang dimintakan judicial review tidak bertentangan dengan UUD'45.
Mau tidak mau, putusan MK ini membawa konsekwensi yuridis kepada KPKPN. Lembaga yang dibentuk berdasarkan Keppres No. 127/1999 itu harus bubar. Dalam bahasa Yusuf Sjakir, lembaga yang dipimpinannya akan melebur ke dalam KPK. Termasuk seratusan pegawai yang bekerja pada KPKPN.