Meski sempat ditahan atas tuduhan �kudeta' Iwa masih dipercaya Soekarno untuk menduduki jabatan Menteri Pertahanan pada Kabinet Ali Sastroamidjojo (1953-1955). Saat itu Fraksi Masyumi pernah mengajukan mosi kepada Iwa lantaran dituduh sebagai seorang komunis dan adanya upaya kudeta oleh Angkatan Perang Republik Indonesia. Boleh jadi karena dua tuduhan itu Iwa memutuskan mengundurkan diri dari kursi Menteri Pertahanan.
Pada 1957, Iwa diangkat menjadi Presiden Unpad. Lalu pada tahun 1961 diangkat menjadi anggota Dewan Pertimbangan Agung. Di pemerintahan, karir terakhirnya adalah sebagai Menteri Negara pada Kabinet Kerja IV (1963-1964) dan Kabinet Dwikora I (1964-1966). Iwa meninggal pada 27 September 1971 karena penyakit jantung.
Meski jasa-jasa Iwa terhadap negeri ini tak sedikit, pemerintah orde baru tak langsung menyematkan gelar pahlawan kepadanya. Baru kemudian pada masa pemerintahan Megawati, Iwa ditetapkan sebagai pahlawan nasional.