Begitu kasus Anggodo meredam, nama Bonaran juga sempat menghilang. Kurang lebih setahun berselang, Bonaran diberitakan berhasil terpilih sebagai Bupati Tapanuli Tengah. Berpasangan dengan Sukran Jamilan Tanjung, Bonaran menyingkirkan pasangan calon bupati lainnya, Dina Riana Samosir-Hikmal Batubara, Albiner-Steven Simanungkalit, dan M Armand Effendy-Hotbaen Bonar Gultom.
Sempat tertunda karena proses sengketa pemilukada di MK, Bonaran akhirnya resmi menjabat sebagai Bupati Tapanuli Tengah periode 2011-2016. Di tengah kesibukannya menjabat Bupati, Bonaran sempat tampil di layar lebar dalam film “Mursala”. Di film arahan Viva Mesti yang berkisah tentang kehidupan seorang advokat dari suku Batak itu, Bonaran berperan sebagai seorang penjaga pantai.
Di saat menikmati kehidupan sebagai pejabat daerah, Bonaran kini lagi-lagi harus berurusan dengan KPK. Pria kelahiran Gontingmahe-Sorkam ini disangka terlibat korupsi penanganan perkara sengketa pemilukada Tapanuli Tengah. KPK menjelaskan penetapan Bonaran sebagai tersangka adalah pengembangan dari kasus mantan M. Akil Mochtar.
Sebelum menjadi tersangka, Bonaran sempat menjalani pemeriksaan di Gedung KPK. Bonaran juga hadir sebagai saksi di Pengadilan Tipikor Jakarta untuk kasus Akil. Di persidangan, Bonaran membantah atas tuduhan pernah memberikan uang kepada Akil terkait penanganan perkara pemilukada Tapanuli Tengah.